基因组

GenVisR 基因组数据可视化实战(三)

3.genCov画每个突变位点附件的coverage，跟igv有点相似。这个操作起来很复杂，但是图还是挺有用的。可以考虑。由于我的referencegenomebuild是hg38BiocManager::install(c("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene","BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"))library(TxDb.Hsapien

11的雾·2024-09-16 05:47

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇

博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。

lantary·2024-09-14 12:52

生信人应该这样来装软件(未完待续)

P1优先选择二进制可执行软件来安装不同组学任务模块比对重要全基因组测序/外显子测序找差异和变异转录组相关计数软件安装规律：二进制，下载解压，全路径调用#C语言查看在还是不在whichmakewhichcmakewhichjavawhichperlwhichpython

dandanwu90·2024-09-12 15:50

逆转录病毒载体简介

随着现代医学的发展，研究者发现有越来越多的疾病与人类基因组的突变或缺失有关。几十年来，人们一直在探索一些疾病在分子水平的治疗，试图通过对患者基因的调控达到治疗某种疾病的目的。

生物GO·2024-09-11 13:37

基于深度学习的基因组数据分析

基于深度学习的基因组数据分析利用深度学习技术来处理和分析基因组数据，帮助解决基因组学领域中一些复杂且具有挑战性的问题。

SEU-WYL·2024-09-11 11:16

生物信息名词汇总|生物信息基础知识

生物信息名词汇总|生物信息基础知识GWAS-Genome-wideassociationstudies，全基因组关联研究：用于识别遗传区域（基因组）和性状/疾病之间关联的方法。

Red Red·2024-09-11 09:31

refgenie：参考基因组下载商店

HereweprovideawebinterfaceandaRESTfulAPItoaccessgenomeassetsforpopularreferencegenomeassemblies.refgenie提供了人、鼠等常见物种的参考基因组以及注释文件等信息

小贝学生信·2024-09-09 10:14

分子生物学-3

1.共线性（synteny）：一个物种的基因组中相互连锁的基因，在另一物种的基因组中也是连锁关系，而且在两个物种的遗传图上的位置也是相似的。例如，人与小鼠之间就有一百多个共线区。

ss的专属赫兹·2024-09-04 16:06

Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程

Signac中的CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具，常用于ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing

倪桦·2024-09-04 12:23

血液DNA提取产量高吗？

本试剂盒采用独特的裂解液配方，可直接从新鲜、冷冻或陈旧的全血中提取高质量的基因组DNA，也可以直接提取得到血液中感染的细菌或转移的肿瘤细胞

清风拂面vv·2024-09-03 15:54

细菌/真菌DNA提取注意事项

产品介绍BIOGDNAFungi&BacteriaKit是专门用于从各种细菌和真菌样本中提取基因组DNA的试剂盒。BIOGDNAFungi&BacteriaKit采用特别配制的菌体裂解酶裂解真菌和

清风拂面vv·2024-09-03 01:37

2022《Nature Plants》通过基因组组装揭示模式蕨类植物的动态基因组进化

Introduction大多数蕨类植物的大基因组和复杂度，阻碍了其通过基因组组装来阐明蕨类生物学和陆地植物的进化。

iBioinformatics·2024-09-02 07:21

如何对利用GWAS关联到的SNP位点进行注释

GWAS（全基因组关联研究）关联到的SNP（单核苷酸多态性）位点注释是一个复杂的过程，涉及多个步骤，旨在理解这些位点在基因组中的生物学意义。

生信学习小达人·2024-08-30 02:03

使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据

可视化是数据分析中非常重要的一个环节，对于NGS分析数据的可视化，最常用的就是各种基因组浏览器了，既有UCSC,GBrowse等基于web的基因组浏览器，也有igvtools等本地化的图形界面软件。

生信修炼手册·2024-08-29 16:16

2022-04-20基因作图尝试

基因染色体分布情况可视化程序所在位置需要输入的内容1、基因组gff文件2、基因ID3、Chr列表：用fastastats生成excel文件，取第一列即可（如下图）https://www.jianshu.com

LiLiLi梦梦·2024-08-27 13:25

创业生态报告：中国崛起美国衰退

这就是已经成立8年的“创业公司基因组”组织的使命。这个组织吸引了一批研究员和创业者，他们每年会采访全球数千名创业者和投资人，从而更好地了解，创业的热门领域发生了什么变化，以及哪些情况是不变的。

飞猪share·2024-08-26 07:01

【现学现卖】CHEER中的概念解释——k-mer

HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning对这篇文章中概念的理解：【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析

番茄随笔·2024-08-26 02:53

要不要生二胎？先看我经历了什么

这倒不是说我俩有重男轻女的观念，而是因为我俩对基因组合的奇妙都有些好奇。大宝是女孩，样貌上遗传了老公的大部分基因。走到哪儿，都有人说，

宁汐漫语·2024-08-24 07:14

高性能计算（HPC）与超级计算

无论是在气象模拟、基因组研究、物理模拟，还是在金融分析和人工智能训练中，HPC和超级计算都发挥着至关重要的作用。

给生活加糖！·2024-08-23 13:05

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗

felix108·2024-08-21 21:30

scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-Discussion

weixin订阅号同步更新：扒蒜小妹的日常scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-1scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-2scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱

科研菜鸟·2024-03-15 20:37

高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2

博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。

lantary·2024-03-08 09:58

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致？！

RNA-seq无需知道实验样本的基因组序列含比传

Seurat_·2024-02-20 20:22

scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-6

scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-1scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-2scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-3scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱

科研菜鸟·2024-02-20 10:12

3.QTL定位：Rqtl —— Multiple-QTL analyses

在进行单QTL和双QTL基因组扫描后，最好将确定的位点合并成一个联合模型，然后进一步探讨QTL的可能性。在此工作中，我们使用由makeqtl()创建的QTL对象，利用fitqtl()拟合多qtl模型。

Wei_Sun·2024-02-20 09:54

【动植物研究动态】20220501文献解读

NG|农科院油料所伍晓明&诺禾：揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding

生物信息与育种·2024-02-20 09:53

疾病是进化的不完美

比如癌基因，在我们出生以前，这个坏东西就潜伏在我们的基因组里面，等待时机被激活。除了癌症，各种遗传病、慢性病都跟基因有关。这表明我们生命巨大遗传信息的最底层东西都是不完美的。

颜江坤·2024-02-19 17:02

肠道微生物研究的“法宝”

摘要人类微生物组由以细菌为主的微生物群的集体基因组组成，这些微生物生活在人体的各个部位，其中肠道包含更多的微生物群。由于缺乏用于分离非培养微生物的科学工具，肠道微生物组的最重要特性尚不清楚。

茗创科技·2024-02-19 13:33

R语言|绘制曼哈顿图

曼哈顿图（manhattanPlot）是一种散点图，因形似曼哈顿摩天大楼而命名，常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP。

维凡生物·2024-02-19 13:06

转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦！

染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。

尐尐呅·2024-02-15 04:49

利用三代转录本升级基因组注释（gff3）

因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，通过三代转录本比对到基因组，

郝永超M1racle·2024-02-15 01:54

2022-12-01

Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化（2）原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术，碱基特异性原位测序（BaSISS

图灵基因·2024-02-14 08:35

内源性逆转录病毒一(基础知识)

逆转录病毒的复制需要将病毒RNA基因组逆转录成为DNA，然后将病毒DNA整合到宿主染色体中形成原病毒(provirus)。

吕强强学生信·2024-02-13 21:24

菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？

比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落

f70420f979c3·2024-02-13 18:02

多组学分析揭示焦亡-免疫预后特征可能是肿瘤患者总体生存预测和治疗指导的有用工具

ExtendedApplicationofGenomicSelectiontoScreenMulti-OmicsDatafortheDevelopmentofNovelPyroptosis-ImmuneSignaturesandPredictingImmunotherapyofGlioma基因组选择的扩展应用

生信学霸·2024-02-13 04:01

新版EvidenceModeler基因组注释方法

EvidenceModeler用于将多种方法的注释结果合并整理从头预测的结果，同源注释结果，RNA-seq辅助注释结果，EST注释结果等等。1.下载并配置环境wgethttps://github.com/EVidenceModeler/EVidenceModeler/releases/download/EVidenceModeler-v2.1.0/EVidenceModeler-v2.1.0.ta

在学生信秃头中·2024-02-12 22:41

浅谈全基因组复制

作者：May审稿：童蒙编辑：amethyst01什么是全基因组复制多倍化（polyploidy）或全基因加倍/复制（wholegenomeduplication,WGD）事件是指基因组内的所有序列都发生重复

生信阿拉丁·2024-02-12 22:46

批量转换基因名

方法1和2依赖于基因组注释R包，如果无相应物种R包就必须用方法3。好在的是常用物种人、小鼠、大鼠等都是有的，一般能满足需要。

BeeBee生信·2024-02-12 22:40

2021-10-10

CellRepMet|基因筛查的通用工具箱STAMPScreen原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术基因工程领域积累了一个巨大的工具箱：海量在线数据集、基因编辑工具和快速廉价的基因组测序

图灵基因·2024-02-12 20:33

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex

Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

2019-09-01第九天：A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility

ASingle-CellAtlasofInVivoMammalianChromatinAccessibilityjournal：cellIF：36.21摘要：我们使用了一个组合标签实验，sci-ATACseq技术来构建来自13个成年小鼠组织的十万个细胞的全基因组范围的染色质可及性的模式

一只烟酒僧·2024-02-12 13:44

2023-04-06

将二代测序短reads比对到参考基因组上，并进行排序和去重复的等处理，用于后续的变异检测。

小谷头·2024-02-11 21:58

bedtools获得基因组指定范围的序列

getfasta-glyph.pngbedtoolsgetfastaextractssequencesfromaFASTAfileforeachoftheintervalsdefinedinaBED/GFF/VCFfile.用法bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-fi基因组文件

M78_a·2024-02-11 19:27

著名人类学家胡家奇：限制科技发展就在当下人类不能再麻木下去了

而如今，日本又拟解禁“使用人类受精卵对基因组编辑技术进行研究一事”。据日媒报道，最早将于2019年4月获得解禁。就此事，著名人类学家胡家奇发表了重要看法。现在让我们来了解一下胡家奇先生的观点。

人类会·2024-02-11 09:22

2021-10-01

NatGen|从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS

图灵基因·2024-02-11 07:28

注释手工校正工具Apollo-数据导入篇

Apollo界面介绍Apollo的界面（下图）分为两个部分，分别是基因组编辑工作区(GenomicEditingWorkspace)和信息和管理面板(InformationandAdministrationPanel

xuzhougeng·2024-02-11 00:22

温故知新之CRISPR/Cas9原理

sgRNA与Cas9蛋白结合靶向到基因组特定位点，Cas9切割产生双链断裂(doublestrandbreaks,DSB)，经过细胞自主性的非同源末端连接(non-homologousendjoining

Seurat_·2024-02-10 22:19

基因组组装----SOAPdenovo2

1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下：(1)测序得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。

bcl_hx·2024-02-10 22:11

用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性

生信技工·2024-02-10 22:02

猫主子每天都要睡十几个小时，你知道原因吗？

1、本能每种动物都有自己的作息规律，这来自身体构造、基因组成决定，例如牛、马之类的睡眠时间大约3小时；狼13小时；狮子就10~15小时，而猫咪就更长了，在

萌老大是也·2024-02-10 12:45

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