生信工作者日常小tips汇总

1. mac终端数据拖拉式传输

不用winscp 也不用filezila   请直接打开你的终端Terminal

输入scp 拖拽需要传输的文件到这里 账户@ip:路径

外网传输需要设置端口用 -P 80或2222  （P一定要大写）

传文件夹用 -r

gif只用三秒

唰地一下就好了

是不是很方便

轻松搞定

2. top +c查看任务

top可以显示系统当前的进程和其他状况

在输入top回车之后 按下c键，可以看到具体的命令内容

按下h键查看所有参数说明

目前来看还是c比较有用  

扩展阅读：linux的top命令参数详解

3. featurecounts 批量计算bam

在做转录组定量的时候featurecounts经常被使用

官网使用说明 A quick tutorial on featureCounts

这里要介绍的是可以多个bam/sam一起输入

featureCounts -a  XX.gtf  -o counts.txt 01.bam 02.bam 03.bam ......

log里面记录了每个bam文件的比对率

生成的count.txt里从第七列开始都是每个样本的表达量，可以用awk提取得到raw matrix

4. 外网登录服务器

这个专门写了一个教程 轻松搞定服务器外网登录 

可能是史上最简单的了

5. wget下载--no-check-certificate

有时wget下载不了，可以加上--no-check-certificate（不检查证书）试试

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6. cat -A显示特殊字符

其实也就是cat -vET，cat -e（-vE）和cat -t （-vT）的结合

cat -e能显示回车\n，用$表示，而cat -t 显示空格为^I, 结合在一起就都显示了

7. 命令中断后续跑

有时直接在终端提交命令发现时间太长，想重新nohup跑。可以使用control+z，再加bg，就可以继续跑了

以上是我个人在实际操作中总结的一点小心得

后续会慢慢加上更多的小tips方便大家

也欢迎积极留言  把你在生信分析中发现的妙招分享出来~