LSF 作业管理系统

在上一篇中我们简要介绍了 PBS 作业管理系统,下面我们将介绍 LSF 作业管理系统。

简介

LSF (Load Sharing Facility)是一个被广泛使用的作业管理系统,具有高吞吐、配置灵活的优点。通过 LSF 集中监控和调度,可以充分利用计算机的CPU、内存、磁盘等资源。

常用命令

  • bqueues:查看计算队列
  • bhosts:查看计算节点列表
  • lsload:查看负载
  • bsub:提交作业
  • bjobs:查看作业状态
  • bkill:终止作业
  • bpeek:查看作业的标准输出
  • bhist:作业历史信息

作业提交bsub

bsub调用方法

可以通过以下三种方法使用 bsub 来提交作业:

  1. 直接在命令行中输入完整参数:
  2. 进入 bsub 环境交互提交:
  3. 编写作业提交脚本供 bsub 处理。

直接输入完整参数

可以直接在 bsub 的命令行中输入完整的参数来提交一个作业,比如:

$ bsub -n 4 -q example-queue -o example.out ./example "-input data.txt"

其中所用的参数说明如下:

  • -n 指定所需的处理器数目;
  • -q 指定作业运行的队列;
  • -o 指定作业运行信息的输出文件;
  • "-input data.txt" 是传递给执行程序 example 的命令行参数。

这种方式比较适合提交简单的作业,更复杂的作业控制需要编写作业脚本。

使用作业提交脚本

LSF 作业脚本本质上也是一个 shell 脚本,在其中可以用 #BSUB开头的行来指明 bsub作业参数。下面是一个 LSF 作业脚本示例:

# example.lsf

#BSUB -L /bin/bash
#BSUB -J example-mpi4py
#BSUB -q example-queue
#BSUB -n 4
#BSUB -o example.out
#BSUB -e example.err

mpirun python example-mpi4py.py

其中各参数说明如下:

  • -L 指明所用的执行 shell,默认会调用 /bin/sh 执行脚本;
  • -J 指定作业名;
  • -q 指定作业队列;
  • -n 指定作业所需的进程数;
  • -o 指定作业的标准输出文件;
  • -e 指定作业的错误输出文件。

提交作业脚本,使用下面的命令:

$ bsub < example.lsf

交互式提交

在终端中输入 bsub 并回车后会进入 bsub 交互环境,在其中可输入作业参数和执行作业程序。在 bsub 交互环境下可以一次提交多个参数相同的作业,例如:

$ bsub
bsub> -n 4
bsub> -q example-queue
bsub> -o example.out
bsub> PROG1
bsub> PROG2
bsub> PROG3
bsub> Ctrl+D

使用 Ctrl+D 可退出 bsub 交互环境。

查看作业信息

可以用 bjobs 命令查看用户正在运行中的作业:

$ bjobs

使用 -l参数和某个作业的 JOBID,可以查看该作业的详细信息:

$ bjobs -l JOBID

中止作业

使用 bkill 命令中止某个作业:

$ bkill JOBID

以上简要介绍了 LSF 作业管理系统,在下一篇中我们将介绍 SLURM 资源管理系统。

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