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      • 必读综述
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宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

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  • 岛国科普—生命大跃进
  • 宏基因组分析教程
  • 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
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  • 漫谈16S的前世今生
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  • Nature综述: 宏基因组关联分析-深入研究微生物组
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3000+

  • 一文读懂宏基因组分析套路
  • 生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
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  • 自学生信-biostar handbook
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  • 16S预测微生物群落功能 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
  • 一文读懂微生物组

培训、会议、招聘广告

  • 11月16-18日,北京,转录组分析培训
  • 11月1-4日,北京,学术论文统计图插图绘制
  • 10月19-21日,北京,宏基因组分析培训
  • 招募生物、医学、生信、计算机朋友加盟
  • 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
  • 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
  • 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
  • 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
  • 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
  • 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
  • 宏基因组学习交流5群成立
  • 中国农大植保学院周欣组招收2019博士研究生
  • 中山大学环境微生物组中心招聘博后与研究员
  • 南方科技大学环境学院夏雨教授诚聘博士后一名(环境微生物方向)

科研经验

  • 如何优雅的提问
  • 公众号搜索方法大全
  • 如何第一时间了解研究领域最新动态?
  • 科研团队成长三部曲:1云笔记 2云协作 3公众号
  • 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
  • 生信编程模板 Perl Shell R
  • 生物信息之程序学习
  • 手把手教你生信分析平台搭建
  • 论文Figures,你不能不知道的秘密
  • 原始数据极速上传NCBI SRA教程
  • Endnote X8云同步:有网随时读文献
  • Excel绘图新高度—EasyCharts
  • 你和PPT高手之间,就只差一个iSlide
  • Windows10远程桌面Ubuntu
  • R,Git和Github代码备份和版本管理 上 下
  • 2018谷歌学术指数发布——看看综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志
  • 求求你使用Tab键好吗
  • Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及

软件和数据库

  • 没有云平台,又不会代码?MicrobiomeAnalyst:一款综合的可视化微生物组学数据分析网页工具
  • Gephi轻松绘制超美网络图
  • 在线浏览器,在线PS,在线AI,在线编程
  • Nature Method:Bioconda解决生物软件安装的烦恼
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  • 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
  • SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
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  • 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
  • Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows
  • 微生物扩增子数据库大全
  • 微生物网络构建:MENA, LSA, SparCC和CoNet
  • Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
  • Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
  • FUNGuild:真菌功能注释
  • 在线RaxML构建系统发育树
  • 开启win10内置Linux子程序
  • Linux命令screen—终端切换,工作环境保存,画面同步,防断网
  • Docker的基本使用-Ubuntu18.04
  • SourceTracker—微生物来源分析
  • MetaboAnalyst 4.0,代谢组学研究利器的升级

软件基础必学系列

  • 数据的质量控制软件——fastQC

扩增子分析

史上最完整扩增子教程

  • 扩增子图表解读-理解文章思路
  • 扩增子分析流程-把握分析细节
  • 扩增子统计绘图-冲击高分文章
  • QIIME2中文教程-把握分析趋势
  • 9个模块+40余款软件+老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集

易生信-扩增子教程

  • 01-背景介绍
  • 02-真菌引物选择

宏基因组分析

教程系列

  • 宏基因组分析教程

    • 1简介-定义、方法和数据库
    • 2扩增子-微生物群落多样性
    • 3PICRUSt功能预测
    • 4宏基因组物种组成和分箱
    • 5宏基因组功能数据库与通路
    • 6宏转录组流程和功能
    • 7挖掘微生物组生物标记
  • 4500元的微生物组培训资料

  • 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

  • GigaScience:ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

  • 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

  • 一文读懂宏基因组binning

  • 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

  • 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组+宏病毒组+宏转录组

有参分析

  • MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
  • HUMAnN2:人类微生物组统一代谢网络分析2
  • 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo

  • 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
  • 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
  • 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
  • 4基因注释Prokka
  • 5基于Kmer比较数据集sourmash
  • 6不比对快速估计基因丰度Salmon
  • 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
  • 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
  • 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
  • 10绘制圈图-Circos安装与使用

功能注释数据库

  • KEGG在线数据库使用攻略
  • NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
  • EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
  • antiSMASH:微生物次生代谢物基因簇预测

分箱专题

  • Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读

统计分析及可视化

  • Krona绘制物种或功能组成圈图
  • microbiomeViz:绘制lefse结果中Cladogram
  • MMinte:预测微生物群体内代谢物互作

R统计绘图

R语言基础系列:

  • R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
  • 数据可视化基本套路总结
  • 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗?
  • 使用dplyr进行数据操作30例
  • 交集intersect、并集union、找不同setdiff
  • 1数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框)
  • 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
  • 3数据筛选——提取对象的子集
  • 4向量、矩阵的数学运算
  • 5控制结构
  • 6函数及作用域
  • 7认识循环函数lapply和sapply
  • 8分解数据框split和查看对象str
  • 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列:

  • 1初识ggplot2绘制几何对象
  • 2图层的使用—基础、加标签、注释
  • 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
  • 4语法基础
  • 5通过图层构建图像
  • 6标度、轴和图例
  • 7定位-分面和坐标系
  • 8主题设置、存储导出
  • 9绘图需要的数据整理技术
  • 创建属于自己的调色板

高级统计绘图:

  • 28个实用绘图包,总有几个适合你
  • 热图绘制
  • R做线性回归
  • 绘图相关系数矩阵corrplot
  • 相关矩阵可视化ggcorrplot
  • 绘制交互式图形recharts
  • 交互式可视化CanvasXpress
  • 聚类分析factoextra
  • LDA分析、作图及添加置信-ggord
  • 解决散点图样品标签重叠ggrepel
  • 添加P值或显著性标记ggpubr
  • Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
  • 堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
  • 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
  • 桑基图riverplot
  • 微生物环境因子分析ggvegan
  • 五彩进化树与热图更配ggtree
  • 多元回归树分析mvpart
  • 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
  • 加权基因共表达网络分析WGCNA
  • circlize包绘制circos-plot
  • R语言搭建炫酷的线上博客系统

鼠标点点绘图系列

  • SCI期刊数据可视化—折线图

实验设计与技术

  • 微生物组取样和DNA提取建议
  • 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复?
  • 样品命名 注意事项 实例
  • 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
  • 海洋可培养微生物的鉴定与分类
  • 怎么取粪便样品
  • 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
  • Microbiome: 室温存储样本方法比较
  • Nat. Biotechnol.:高通量测序16S及18S rRNA全长
  • 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
  • MiBioGen联盟倡议:综合分析人类基因组与菌群关系研究

基础知识

  • 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
  • Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
  • 16S测序,不知道OTU你就out了!
  • 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
  • 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
  • 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
  • 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
  • Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
  • PCoA距离算法大全
  • 读懂PCA和PCoA
  • LEfSe分析,你真的懂了么
  • 宏基因组基础知识梳理
  • 功能基因多样性研究概述
  • 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
  • 环境因子关联分析—CCA还是RDA
  • P值背后那些事儿
  • 轻松看懂机器学习十大常用算法
  • 一文读懂随机森林在微生态中的应用
  • 你想知道的ROC曲线
  • 相关分析:Spearman、Kendall和Pearson
  • 肠·道 | 刘洋彧:重建肠道菌群生态网络
  • 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

必读综述

  • Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
  • Nature:皮肤微生物群-宿主相互作用
  • Nature综述:人类微生物培养及培养组学culturomics
  • NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
  • NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
  • NRM: 追“根”溯源:植物根际的微生物生态
  • NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
  • NRM:多年冻土的微生物组
  • Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
  • Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
  • Nat Rev Microbiol:呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
  • Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
  • Cell:代谢控制中的脑肠轴
  • Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少?
  • Cell综述:人类肠道菌群-从关联到调控
  • Nat. Micro.: 研究微生物,只靠多组学根本不够
  • COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
  • 中国微生物组计划—农作物微生物组
  • Ann. Rev.:植物微生物组—系统见解与展望
  • Ann. Rev.:微生物组与人
  • 微生物组学与植物病害微生物防治
  • 组学重建真菌现有分类系统
  • BA:根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
  • PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
  • SCLS: 中国科学7月微生物组专刊:赵立平、秦楠、东秀珠领衔
  • FEMS: 森林微生物组多样性,复杂性和动态变化
  • Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
  • Protein&Cell|解析宿主基因组和微生物的复杂互作
  • Microbiome|植物内部微生物的相互作用
  • 微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
  • Nature综述:微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

高分文章套路解读

  • NBT:根际微生物组抗番茄枯萎病
  • Nature:益生菌清除致病菌的机制
  • Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
  • Nature:根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
  • Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
  • Nature:环境vs基因,谁对肠道菌群影响更大?
  • Nature:人类肠道微生物组的肠型
  • Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
  • Nature:肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
  • Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
  • Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
  • Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
  • Nature:乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
  • Nature:人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
  • Nature:土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
  • Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
  • Trends in Microbiology:宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
  • Nature综述:宏基因组时代的病毒分类
  • Nature:全球表层土微生物组群落结构和功能
  • Nature-2018-抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
  • Nat. Genet.:微生物如何适应植物的? 评论 正文
  • Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
  • Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
  • Nat. Commun.:降低微生物群落复杂度突破组装难题
  • Nat Commun:宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
  • Nat. Micro:植物根系分泌物影响菌群结构
  • Nat. Micro:丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
  • Cell Host & Microbe:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
  • GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
  • Microbiome:微生物组研究中你必须注意的细节
  • Microbiome:HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
  • Microbiome:植物根际微生物组也有昼夜节律
  • Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
  • Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
  • Microbiome:肠道菌群失衡促进高血压
  • Microbiome:重新定义“卫生”概念
  • Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
  • Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
  • Microbiome:空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
  • Nat. Med.:菌群与疾病的关:先有鸡还是先有蛋?
  • Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物,居然也会抑制人体肠道菌群?
  • Sciences:用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌!
  • Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
  • Science:肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
  • Science-2018-微生物群落的构建过程具有趋简性
  • Gut:人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
  • Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
  • Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
  • Gut-2018-卡姆果提取物改变肠道菌群预防小鼠肥胖
  • Cell子刊:碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
  • PNAS:水稻微生物组
  • PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
  • PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
  • PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
  • PNAS-2017-人工构建玉米极简微生物组
  • PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿?
  • ISME|宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
  • PLOS Biology: 发现一种固氮玉米
  • PBio-2018:如何设计可预测植物表型的微生物组
  • SR: 栖息地环境影响了鸿雁的肠道微生物
  • npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
  • SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
  • ISME:宏基因组探究美洲河狸粪便微生物

科普视频-寓教于乐

  • BBC人体奥秘之细胞的暗战
  • BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
  • NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
  • NGC子宫日记Womb
  • NHK再造人类生命的神奇细胞
  • CCTV9让尸体说话-法医密档
  • 一顿寄生虫大餐,或能治好干净引来的免疫病
  • 致命病毒为何疯狂袭击人类?
  • 土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
  • 看完这些能控制大脑的寄生虫,你会怀疑人类!
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  • 梅毒狂想曲
  • 盘尾丝虫病——河盲症
  • 结核菌——抗药性的严峻形式
  • 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
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  • 谁说被吃是鸡的宿命?这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外2400+科研人员加入。参与讨论,获得专业指导、问题解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
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学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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