[译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据

https://www.vitamodularis.org/articles/how_to_interpret_your_microbiome_data.shtml 内容来自这篇文章，只是摘抄翻译了部分内容，英文好的直接出门左转到原文。

首先，作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台，美国肠道计划AGP，uBiome，Atlasbiomed，这三家，是西方人能做的其中几个。
然后，作者强调了HLA的重要性，举了几个例子，如类风湿，与Prophyromonas(拟杆菌门)相关。强直性脊柱炎与HLA-B27的关系，与Kleibsiella菌属感染有关。多发性硬化症，疲劳综合征与支原体；莱姆病与包柔氏螺旋体相关，HLA-DR15,16可抵抗。HLA-DR4可抵抗沟鞭藻类的感染，其他的还有比如23andme把HLA分型用于预测牛皮癣的概率。
插句题外话，如果你有snp芯片的原始数据，可以娱乐性的帮你分出你的HLA型，准确率不够高，但是也能用了。地址在这：https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html

一、不同的肠道细菌门及其概述

后面是作者介绍了微生物的分类相关知识，关于肠道菌细菌门及其包含的相关细菌属，顺便提及了一下有的属的作用:

1.西方人身上最多的Firmcutes厚壁菌门

其中的有益菌有Anaerostipes, Blautia, Dorea, Flavonifractor, Lactobacillus（乳酸杆菌属）, Pseudobutyrivibrio, Robeburia（罗斯氏菌属）, Ruminococcus（瘤胃球菌属）, Sarcina等。这些菌明不少没有中文名，除了常见的就没有翻译。有害菌有：Listeria李斯特菌, Staphylococcus葡萄球菌, Clostridium difficile艰难梭菌。

2.拟杆菌门，Bacteroidetes

西方人身上第二多的，革兰氏阳性杨棒状杆菌，包含帮我们消化蔬果的Prevotella普氏菌属，消化脂肪的Alistipes，消化全谷物-发酵糖的Bacteroides拟杆菌属和调节我们免疫系统的Barnesiella。当然也有有害菌，比如Porphyromonas卟啉单胞菌属就与类风湿性关节炎、牙周病和细菌性阴道病相关。

3.疣微菌门，Verrucomicrobia

通常在淡水和土壤中发现的微小的疣状细菌。在人类肠道中发现的最常见的物种是Akkermansia，它能降解肠道内壁产生的多余粘蛋白(粘膜黏液)。Akkermansia是抗炎和保护对肥胖，结肠癌和自闭症。ps.这可是传说中会让你瘦的细菌哦！

4.变形菌门,Proteobacteria

主要为革兰氏阳性有害细菌，包括波氏杆菌(百日咳)、布鲁氏菌(布鲁氏菌)、弯曲菌(胃肠炎)、大肠杆菌、幽门螺杆菌(胃炎和胃溃疡)、沙门氏菌、志贺氏菌、弧菌(例如霍乱病原体霍乱弧菌)和耶尔森氏菌(例如鼠疫杆菌，鼠疫病原体)。肠道中最常见的种类是肠杆菌(机会性感染)、嗜血杆菌(口腔和鼻子常见，但可引起呼吸道感染)、脱硫弧菌(与肠易激综合征和自闭症有关)、Kluyvera、Sutterella(与自闭症有关)和Thalassospira。

5.放线菌门，Actinobacteria

在我们的口腔和生殖器中发现的一些最常见的微生物。它们是革兰氏阳性，典型的作用是分解有机物。在肠道中发现的变种通常是有益的，如柯林塞拉、卷曲隐杆菌和双歧杆菌(它甚至被用作益生菌并添加到Activia酸奶中)。

二、肠道有益菌的比例问题

1. 这里还是先强调了丁酸产生菌和短链脂肪酸（SCFAs）产生菌。

丁酸诱导粘蛋白合成，加强上皮细胞之间的连接，从而防止炎症和肠漏综合征。产生丁酸的细菌保护你的肠道免受炎症、溃疡性结肠炎和结直肠癌的侵害。主要有6大类，Anaerostipes, Flavonifractor, Faecalibacterium, Pseudobutyrivibrio, Roseburia and Subdoligranulum。
然而，细菌如拟杆菌和Alistipes会将乳酸转化为其他短链脂肪酸(SCFA)，如乙酸、甲酸或丙酸，如果这些脂肪酸含量过大，会损害肠道的内壁，引起肠道炎症和高渗透性，从而导致自身免疫性疾病。因此，尽管类杆菌和脂肪有益于消化全谷物和脂肪，但如果它们的比例超过了上面产生丁酸的坚韧物质的比例，则极有可能导致疾病。因此，保持更高的丁酸产生菌比例是很重要的，如果可能的话，是拟杆菌和Alistipes菌的两到三倍。但你也不想有太少的类杆菌和灵芝，因为它们也能保护你免受致病菌的伤害。但你也不能有太少的拟杆菌和Alistipes菌，因为它们也能保护你免受致病菌的伤害。
乳酸是由酸奶中的乳酸菌和乳酸菌、双歧杆菌等益生菌产生的。
下面是这丁酸和乳酸两个代谢途径的图!

2. 斯米氏甲烷杆菌(Methanoberebacter smithii)

米氏甲烷杆菌是一种非常独特但很有用的细菌。它是在人类肠道中发现的唯一的古菌门的成员。它能减少硫酸盐和回收多余的氢和二氧化碳为甲烷，这可以增加从营养物质中提取的能量。换句话说，M.smithii优化能量摄入，使人们吃得更少。结果发现，在瘦的人比肥胖的人中发现M.smithii的频率更高，而厌食症患者的水平甚至更高。
作者已经做了一个表格，总结了主要的共生肠道细菌和他们的功能，以及其他有用的细节，如它们消化的食物。

三、肠道细菌和疾病

许多研究表明肠道失调与炎症性肠病(IBD)有关。这通常涉及到拟杆菌门/厚壁菌门的比例过高，但也存在一些特殊的致病菌，如大肠杆菌(Darfeuille-Michaud 2004)、鸟类分枝杆菌(Rosenfeld和Bressler 2010)、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌(Garrett等人。(2010年)。一些物种似乎对IBD有保护作用，如Faecalibacterium prausnitzii(大名鼎鼎的普拉梭菌)和其他丁酸生产菌。
克罗恩病(Crohn‘s Disease，简称Crohn’(2013年)，研究发现，与健康人或未受感染的亲属相比，患者有更多的活泼瘤胃球菌和Collinsella airfaciens，但扭链瘤胃球菌较低(Joossens等人。(2013年)。
乳糜泻：与健康对照组相比，患者还显示出更多的拟杆菌属和Prevotella属(De Palma等人。2010年，Schippa等人。(2010年)，并显著降低了双歧杆菌和Faecalibacium的水平。
肠道失调似乎在孤独症中起着重要的作用。自闭症儿童被发现有更多的拟杆菌门(Finegold等人)和梭菌属(如对溶组织梭菌，Finegold et al.和2002年，Parracho）。Wang等人2013年报告称，患有自闭症谱系障碍、便秘和腹泻的儿童粪便中Sutterella wadswarensis以及扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)和活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)的丰度增加。在没有自闭症的儿童中，Sutterella通常不存在或不到1%的肠道菌群，但在孤独症患者中几乎总是以1%至7%的频率出现。Wang等人。2011年还发现自闭症儿童粪便中黏液溶解细菌的相对丰度较低，如黏性阿克曼杆菌和双歧杆菌的相对丰度较低。
双歧杆菌科中，发现了许多益生菌，似乎对几种自身免疫性疾病起到保护作用。除了乳糜泄，类风湿关节炎患者(Vaahtovao等。糖尿病(Wu等人。2010年)发现双歧杆菌的水平显著降低。
结果表明，老年人的微生物区系具有较低的物种水平多样性。虽然在个体间观察到了很大的差异，Claesson等人。2010年的报告称，老年人的双歧杆菌和厚壁菌门比例普遍下降，但拟杆菌门的含量有所增加。Biagi等人。2010年，研究人员发现百岁老人体内出现了不受欢迎的变形杆菌和杆菌(如葡萄球菌)，这可能是免疫系统不能再摆脱病原体的一个迹象。

变形杆菌是危害人类健康的主要病原菌。加州大学洛杉矶分校科学家的一项研究(克拉克等人。研究结果表明，肠道通透性(肠道渗漏)和变形菌(如肠杆菌、大肠杆菌、克雷伯菌、巴氏杆菌、假单胞菌或沙门氏菌等小细菌)比例的突然增加是果蝇健康迅速下降和即将死亡的一个迹象。这同样适用于人类。用抗生素治疗的果蝇存活了三倍多(20天，相当于30人年)。研究表明，年龄的下降与肠道微生物群落的变化密切相关。
后面是口腔等微生物组的内容，没有继续翻译。