R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器

使用R包clusterProfiler 进行富集分析与可视化

clusterProfiler官方网址：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

ID 转换功能

函数：bitr;bitr_kegg

功能：实现GeneSymbol, GeneID, Ensembl,UniprotID, ncbi-proteinid等之间的相互准换。支持约20物种。

图片说明：上图中x是一个list,里面放的是基因名，也就是SYMBOL这一列，也可以传入其他，只要在fromType一列写上对应的类别即可。

GO/KEGG 富集分析

一条命令即可完成分析

1. GO分析

2. KEGG分析

3. 输出结果

图片说明：第一张图为GO分析，第二张图为KEGG分析，传入的gene 是一个基因列表，该列表可以是geneID GeneSymbol 甚至是ENSEMBL, 只要在keyType 一列说明具体是哪一种类型就可以了。第三张图为输出结果，p.adjust和qvalue都是对p值的校正，p.adjust 在分析时可以选用方法，比如图中选择的是BH, qvalue是FDR校正。

GO/KEGG 富集分析可视化

直接使用上述分析结果ego 和kk，一条命令即可完成可视化

柱状图

barplot(ego, showCategory=20)

气泡图

dotplot(kk)

通路-基因网络图

cnetplot(ego, categorySize=“pvalue”, foldChange=geneList)

cnetplot(ego, foldChange=geneList, circular = TRUE, colorEdge = TRUE)

热图

heatplot(ego, foldChange=geneList)

pathway-pathway Network

emapplot(ego)

GO通路网络图

goplot(ego)

KEGG通路注释

图片说明：在这里，geneList 是一个耗油基因名及对应的flodchange 的列表，图中绿色即为下调，红色为上调。

其他可视化如GSEA分析等，可参照官方说明。