Gephi+Inkscape图论画图

Gephi+Inkscape图论画图

背景

老板说帮忙画几个图吧，类似下图的。然后发来了一堆 txt 文件，就像这样。好了怎么画呢。经过不断摸索，整理出一个自认为比较好的工作流程。好了不扯淡了，直接进入正题。需要用到的分别为python（一点点，修饰一下数据，使其符合Gephi的要求），Gephi（用来画图）， Inkscape（修饰图片，输出eps文件）。

Python

这里我们主要只需要一点点字符串 split()相关的知识即可。考察给定的数据的格式，看看用的什么分隔符（space，tab），从左往右分好（split），还是从右往左分好（rsplit），还是需要结合。

例子：
上面的图片中的文件，有两部分组成，上边是点集，下边是边集。点集分出来id和label，再后面的数据丢弃。边集把对应的id分割出来。最后拼装成两个Gephi要求的csv格式。

name = "div-pub-avg-core"
f = open(name + ".txt", "r")
fnode = open(name + "-node.csv", "w")
fedge = open(name + "-edge.csv", "w")
fnode.write("Id,Label\n")
fedge.write("source,target,type\n")

x = f.readlines()
for xx in x:
    if (len(xx.split()) != 2):
        y = xx.split(' ', 1)[0]
        yy = xx.split(' ', 1)[1].rsplit(' ', 2)[0]
        fnode.write(y + "," + yy + "\n")
    else:
        y = xx.split()
        fedge.write(y[0] + "," + y[1] + ",undirected\n")
f.close()
fnode.close()
fedge.close()

Gephi

复杂网络分析的工具。我们要借助它来画图。关于数据的输入，Gephi提供了多种方法，这里我们只讲从csv导入。Gephi要求提供两个csv文件，分别描述Nodes和Edges（当然，只输入一个文件是可以的，不过只有节点，或者只有边而节点没有标签），格式要求如下：

第一行：表头，表示下面的数据的含义
第二行开始：数据内容

例如：

注意边表格一定
准备好了csv之后，直接导入即可。（文件-Import spreadsheet）分别导入Nodes和Edges。导入进去是一个随机的图形。随后我们用左边的变换，变成需要的样子，然后预览，选择缺省值直边，调整标签、线大小颜色等。如下图所示，还可以通过旋转变换把它搞正。

随后输出SVG文件，（文件-输出-SVG文件）。SVG是一种矢量格式，转换时不会失真，而且文字（标签）和图像是可以分离的，方便我们在Inkscape中处理。（例如做个下标什么的）

Inkscape

Inkscape是一个矢量绘图软件。论文里很多图都可以用它来画，就像我们这种图，只要你有足够的耐心，也可以用它画出来。只不过比较费时罢了。我们需要用Inkscape帮忙把SVG转换成EPS文件。因为Gephi不能直接导出EPS。（不过 PDFTeXify 也貌似可以直接支持SVG文件）。这种转换是矢量图之间直接的转换，不会失真。同时上一段也讲了，在这一步，我们也可以处理修饰一下图片，具体操作就跟PS一样，不多说了。弄完之后，直接另存为 EPS 图像即可。