Java调用R并打包成可执行的jar
rJava是一个R语言和Java语言的通信接口，通过底层JNI实现调用，允许在R中直接调用Java的对象和方法。
rJava还提供了Java调用R的功能，是通过JRI(Java/R Interface)实现的。JRI现在已经被嵌入到rJava的包中，我们也可以单独试用这个功能。现在rJava包，已经成为很多基于Java开发R包的基础功能组件。
正式由于rJava是底层接口，并使用JNI作为接口调用，所以效率非常高。在JRI的方案中，JVM直接通过内存直接加载RVM，调用过程性能几乎无损耗，因此是非常高效连接通道，是R和Java通信的首选开发包。
软件环境：win7 64位 + R3.2.3(32位) + Jdk1.6(32位) +Eclipse4.4
1.安装rJava
方法一：点击R工具栏上的【程序包】—》“设定CRAN数据源”—》China(Beijing 4) —》确定；点击【程序包】—》安装程序包—》选择 rJava —>OK
方法二：直接在R的命令行窗口，输入以下命令：
install.packages("rJava")
library(rJava) 2.配置环境变量
右击“我的电脑”—》属性 —》高级系统设置 —》环境变量 —》系统环境变量: JAVA_HOME、Classpath、Path。
对于32位的jdk + 32位的R，请使用:
Path = G:\Program Files\R\R-3.2.3\bin\i386;%JAVA_HOME%\bin;%JAVA_HOME%\jre\bin;
JAVA_HOME = G:\Program Files (x86)\Java\jdk1.6.0_45;
ClassPath = .;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;G:\Program Files\R\R-3.2.3\library\rJava\jri;
对于64位的jdk+64位的R，请使用：
PATH = G:\Program Files\R\R-3.2.3\bin\x64;%JAVA_HOME%\bin;%JAVA_HOME%\jre\bin;
JAVA_HOME = G:\Program Files\Java\jdk1.6.0_45;
CLASSPATH = .;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;G:\Program Files\R\R-3.2.3\library\rJava\jri; 3.在Eclipse中，编写Java通过JRI调用R的程序
右击Eclipse的Package Explorer空白区，创建Java Projects，命名为：Rchart2，创建一个package：com.call，一个class文件：FirstRjava.java，一个Folder: Lib
//FirstRjava.java
package com.call;
import org.rosuda.JRI.Rengine;
public class FirstRjava {
public static void main(String[] args) {
FirstRjava demo = new FirstRjava();
demo.callRJava();
}
public void callRJava(){
//启动R引擎
Rengine re = new Rengine(new String[]{"--vanilla"},false,null);
if (!re.waitForR()) {
System.out.println("Cannot load R");
return;
}
//打印变量
String version = re.eval("R.version.string").asString();
System.out.println(version);
//生成10个随机数,保存至arr[]数组里，并输出
double[] arr = re.eval("rnorm(10)").asDoubleArray();
for(double a:arr){
System.out.println(a+",");
}
//关闭R引擎
re.end();
}
}
4. 加载JRI.jar和配置VM参数
4.1 在R中安装完rJava后，会在: X: ~R\R-x.x.x\bin\library\rJava\jri发现JRI.jar包，对于本例，目录为：G:\Program Files\R\R-3.2.3\library\rJava\jri，将JRI.jar放到Rchar2/Lib里；右击Rchar2 —》Build Path —》Add External Archives —》选择JRI.jar —>OK
4.2 配置工程Rchar2/FirstRjava的VM参数
首先运行一下FirstRjava，将.java文件编译成.class文件，然后，右击FirstRjava—》Run as —》Run Configurations —》在Arguments界面，填写VM arguments:
-Djava.library.path="G:\Program Files\R\R-3.2.3\library\rJava\jri\i386"
如果是64位的R，只需要将路径的末尾字段: \i386 改成 \x64，即配置如下：
-Djava.library.path="G:\Program Files\R\R-3.2.3\library\rJava\jri\x64" 效果如下：
5.将该工程打包成一个Runable jar
右击Rchart2 —>Export —> Runable JAR file —> Next —> 选择FirstRjava -Rcahrt2 ,路径: G:\Workspaces\ExportJar(按Browse按钮，自己设置)，命名为: FirstRjava.jar，如图(4)、图(5)、图(6)所示：
6. 点击桌面左下角的【开始】—》cmd —>进入到.jar包所在的目录: G:\Workspaces\ExportJar，输入命令：
java -Djava.library.path="G:\Program Files\R\R-3.2.3\library\rJava\jri\i386" -jar FirstRjava.jar
如图(7)所示：
R和Java可以相互调用，R通过rJava调用Java，Java通过JRI调用R。
Java通过JRI调用R的工程代码：http://download.csdn.net/detail/sanqima/9380778
参考文献：http://blog.fens.me/r-rjava-java/