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• 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
• 3分和30分文章差距在哪里？
• 岛国科普—生命大跃进
• 宏基因组分析教程
• 微生物组入门必读+宏基因组实操课程

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• 你想要的生信知识全在这—生信宝典
• NB：实验vs分析，谁对结果影响大
• NC：16S序列预测培养基配方
• Cell综述：人与肠道菌群休戚与共的一生
• Cell：22篇微生物文章为微生物组打Call
• 只要11天，浓度1000倍的抗生素也无效
• 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
• 深度好文—我们的未来在哪里？
• 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
• 学术图表的基本配色方法
• 手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表
• 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
• 漫谈16S的前世今生
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• Nature综述：宏基因组关联分析
• Nature综述：肠道菌群如何划分肠型
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• 一文读懂宏基因组分析套路
• 生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
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• 自学生信-biostar handbook
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• 16S预测微生物群落功能 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
• 一文读懂微生物组

培训、会议、招聘广告

• 9月14-16日，北京，扩增子有参无参分析和功能预测
• 招募生物、医学、生信、计算机朋友加盟
• 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
• 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
• 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
• 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
• 宏基因组学习交流4群成立

科研经验

• 如何优雅的提问
• 公众号搜索方法大全
• 如何第一时间了解研究领域最新动态?
• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
• 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
• 生信编程模板 Perl Shell R
• 生物信息之程序学习
• 手把手教你生信分析平台搭建
• 论文Figures，你不能不知道的秘密
• 原始数据极速上传NCBI SRA教程
• Endnote X8云同步：有网随时读文献
• Excel绘图新高度—EasyCharts
• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
• Windows10远程桌面Ubuntu
• R，Git和Github代码备份和版本管理 上 下
• 2018谷歌学术指数发布——看看综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志

软件和数据库

• 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
• 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
• 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
• SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
• 微生物扩增子数据库大全
• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
• FUNGuild：真菌功能注释
• 在线RaxML构建系统发育树
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• 开启win10内置Linux子程序
• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
• Docker的基本使用-Ubuntu18.04
• SourceTracker—微生物来源分析

扩增子分析

史上最完整扩增子教程

• 扩增子图表解读-理解文章思路
• 扩增子分析流程-把握分析细节
• 扩增子统计绘图-冲击高分文章
• QIIME2中文教程-把握分析趋势
• 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集

易生信-扩增子教程

• 01-背景介绍
• 02-真菌引物选择

宏基因组分析

教程系列

• 宏基因组分析教程

  • 1简介-定义、方法和数据库
  • 2扩增子-微生物群落多样性
  • 3PICRUSt功能预测
  • 4宏基因组物种组成和分箱
  • 5宏基因组功能数据库与通路
  • 6宏转录组流程和功能
  • 7挖掘微生物组生物标记

• 4500元的微生物组培训资料

• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
• 一文读懂宏基因组binning
• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
• 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
• 4基因注释Prokka
• 5基于Kmer比较数据集sourmash
• 6不比对快速估计基因丰度Salmon
• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
• 10绘制圈图-Circos安装与使用

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图
• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
• MMinte：预测微生物群体内代谢物互作

R统计绘图

R语言基础系列：

• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？
• 使用dplyr进行数据操作30例
• 交集intersect、并集union、找不同setdiff
• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
• 3数据筛选——提取对象的子集
• 4向量、矩阵的数学运算
• 5控制结构
• 6函数及作用域
• 7认识循环函数lapply和sapply
• 8分解数据框split和查看对象str
• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列：

• 1初识ggplot2绘制几何对象
• 2图层的使用—基础、加标签、注释
• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
• 4语法基础
• 5通过图层构建图像
• 6标度、轴和图例
• 7定位-分面和坐标系
• 8主题设置、存储导出
• 9绘图需要的数据整理技术

高级统计绘图：

• 热图绘制
• R做线性回归
• 绘图相关系数矩阵corrplot
• 相关矩阵可视化ggcorrplot
• 绘制交互式图形recharts
• 交互式可视化CanvasXpress
• 聚类分析factoextra
• LDA分析、作图及添加置信-ggord
• 解决散点图样品标签重叠ggrepel
• 添加P值或显著性标记ggpubr
• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
• 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
• 桑基图riverplot
• 微生物环境因子分析ggvegan
• 五彩进化树与热图更配ggtree
• 多元回归树分析mvpart
• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
• 加权基因共表达网络分析WGCNA
• circlize包绘制circos-plot

鼠标点点绘图系列

• SCI期刊数据可视化—折线图

实验设计与技术

• 微生物组取样和DNA提取建议
• 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
• 样品命名 注意事项 实例
• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
• 海洋可培养微生物的鉴定与分类
• 怎么取粪便样品
• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
• Microbiome: 室温存储样本方法比较
• Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
• 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
• MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究

基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
• Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
• 16S测序，不知道OTU你就out了！
• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
• 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
• PCoA距离算法大全
• 读懂PCA和PCoA
• LEfSe分析，你真的懂了么
• 宏基因组基础知识梳理
• 功能基因多样性研究概述
• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
• 环境因子关联分析—CCA还是RDA
• P值背后那些事儿
• 轻松看懂机器学习十大常用算法
• 一文读懂随机森林在微生态中的应用
• 你想知道的ROC曲线
• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
• 肠·道 | 刘洋彧：重建肠道菌群生态网络
• 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

必读综述

• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
• Nat Rev Microbiol: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
• Nature综述: 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
• Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
• Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
• Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
• Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
• Cell：代谢控制中的脑肠轴
• Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
• Nat. Micro.: 研究微生物，只靠多组学根本不够
• COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
• 中国微生物组计划—农作物微生物组
• Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
• Ann. Rev.：微生物组与人
• 微生物组学与植物病害微生物防治
• 组学重建真菌现有分类系统
• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
• PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
• SCLS: 中国科学7月微生物组专刊：赵立平、秦楠、东秀珠领衔
• FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
• Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
• Protein&Cell|解析宿主基因组和微生物的复杂互作

高分文章套路解读

• Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
• Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
• Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
• Nature：人类肠道微生物组的肠型
• Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
• Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
• Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
• Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
• Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
• Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
• Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
• Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
• Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
• Nat. Commun.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
• Nat Commun：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
• Nat. Micro：植物根系分泌物影响菌群结构
• Nat. Micro：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
• Cell Host & Microbe:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
• GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
• Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
• Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
• Microbiome：重新定义“卫生”概念
• Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
• Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
• Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
• Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
• Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
• Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！
• Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
• Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
• Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康
• Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌
• Cell子刊：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解
• PNAS：水稻微生物组
• PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
• PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
• PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
• ISME|宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
• PLOS Biology: 发现一种固氮玉米

科普视频-寓教于乐

• BBC人体奥秘之细胞的暗战
• BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
• NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
• NGC子宫日记Womb
• NHK再造人类生命的神奇细胞
• CCTV9让尸体说话-法医密档
• 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
• 致命病毒为何疯狂袭击人类？
• 土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
• 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
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• 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
• 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2200+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

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• 4月14-22日，北京，表观调控高通量测序分析培训开课啦
• 5月12-20日，北京，二代三代转录组测序分析实战班
• 5月11-13日，北京，中国肠道大会
• 5月19-20日，北京，数学、计算机和生物青年学者论坛
• 7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！
• 梅西，你球踢得再好，也不如“发表了6篇SCI的国足武磊”
• 8月3-6日，北京，助力CNS-学术论文统计图插图绘制
• 8月8-12日，北京，Linux，R，Python，转组录组暑期黑马集训 – 低至2500每人
• 代谢组学/脂组学：短链脂肪酸分析服务
• 菌群采样神器，随时免费申领
• 2018基因组学技术与研究应用大会-8月7日-北京遗传发育所

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