学习小组Day3笔记-韩营营

学习Linux环境下安装软件
教程提纲：

Day3 Linux环境下的软件安装.jpg

安装bzip2

• 安装软件之前检查是否已安装bzip2

  
  
  

  检查有无安装bzip2.jpg
  
  

  输入bzip2，出现图中结果（command not found），说明服务器中未安装bzip2。

• 安装bzip2
  输入命令yum install -y bzip2，进行安装。

  
  
  

  检查bzip2已安装完成.jpg

安装miniconda

miniconda=conda+python+base packages
miniconda用于生信领域，用于下载生信相关软件，相当于app store。
安装过程：

• 百度搜索“miniconda”，进入官网
• 根据自己电脑选择64-bit版本
• 安装python 3.7对应的Linux下的版本
• 右键，复制快捷方式：https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 登陆服务器，进入biosoft目录，输入命令：wget 上面的网址
  按Enter运行，显示下图内容，说明成功下载脚本。

  
  
  

  成功下载脚本.jpg
• 输入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（bash命令用于运行安装脚本）

• 一路"Enter"加"yes"，成功安装miniconda3。

  
  
  

  miniconda3安装完成.jpg

• 激活miniconda

  
  
  

  激活miniconda.jpg

• 输入命令：conda，验证是否安装成功。

  
  
  

  miniconda安装成功.jpg

添加镜像（清华源）

命令行输入以下代码：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

查看conda中所有软件列表

查看conda的软件列表.jpg

搜索软件（如：fastqc）

搜索软件.jpg

安装软件

• 自动安装
  命令： conda install fastqc -y

  
  
  

  安装软件.jpg

• 手动安装
  命令： conda install fastqc（中间过程需输入yes）

  
  
  

  手动安装过程.jpg

• 安装指定版本软件
  命令：conda install fastqc=0.11.7 -y

  
  
  

  安装指定版本软件.jpg

卸载软件

命令： conda remove fastqc -y

卸载软件.jpg

conda 环境

• 查看当前conda环境（带*为默认环境）
  命令：conda info --envs

  
  
  

  conda环境.jpg

• 创建新的conda环境，并激活（例：rnaseq）
  命令：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y（创建新环境，并指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic）

  
  
  

  创建新环境.jpg
  
  

  激活新环境（新环境成为默认环境）
  命令：conda activate rna-seq

  
  
  

  激活新环境.jpg
• 卸载指定环境的软件

1. 卸载某一个软件
   命令：conda remove -n rna-seq fastqc -y

   
   
   

   卸载环境中的某一软件.jpg

2. 卸载全部软件（即卸载环境）
   先退出当前环境，再卸载。
   退出环境命令：conda deactivate
   卸载环境命令：conda remove -n rna-seq --all

   
   
   

   卸载环境.jpg