BWA and Bowtie

BWA——Burrows-Wheeler Aligner

Installation

下载:http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/压缩文件

解压缩:$tar xvfj bwa-0.7.12.tar.bz2

转至目录:$cd bwa-0.7.12

编译:$make

测试:$./bwa #正常情况下会出现帮助信息


Run

1.获取参考基因组;

2.建立参考基因组的索引:$nohup ../tools/bwa-0.7.12/bwa index Arabidopsis_thaliana.TAIR10.21.dna.genome.fa &;

#设置可执行程序路径 #建立索引的参数 #参考基因组

3.获取DNA序列reads;

4.把DNA序列reads给Map到参考基因组上:

$nohup ../tools/bwa-0.7.12/bwa  mem  Arabidopsis_thaliana.TAIR10.21.dna.genome.fa   ../Arabidopsischipdata/SRR651185.fastq > SRR651185.sam &;

#所用算法 #参考基因组索引的路径设置 #DNA测序reads路径设置 #输出文件

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