林学菜鸟---R语言点格局分析

林学菜鸟—R语言点格局分析

本人是R语言菜鸟一枚，有不足的地方希望大佬们指教。这段时间忙着写毕业论文，因为论文的一部分内容涉及到树种的分布格局，所以自己鼓捣了一段时间。下面是我用R语言（Rstudio）做的一些工作（下列表、图依次为：原始数据；输出结果（第一列：数值顺序编号；r：尺度；obs:观测值；theo：理论值；lo：下包络线；hi：上包络线）；K分布格局；G分布格局）：

help("Kest")
### 帮助函数,对搞清楚包、函数的作用及使用方法贼有用

## step 1
install（spatstat）
### 安装spatstat包
require(spatstat)
### 加载spatstat包
setwd("E:/cycl")
### 建立工作环境

## step 2
cycl<-read.csv("cycl.csv",header=T)
head(cycl)
### 数据读取
cycl.ppp<-ppp(cycl$X,cycl$Y,window=owin(xrange=c(0,24.5),yrange=c(0,17.2)))
### 该函数创建点模式数据集
cycl.envelope<-envelope(cycl.ppp,fun=Kest,nsim=199)
cycl.envelope<-envelope(cycl.ppp,fun=Gest,nsim=199)
### Monte-Carlo检验(Envelope)；k(r)org(r);nism(迭代次数)

write.csv(cycl.envelope, "cyclenvelope.csv"，row=FALSE)
### 将envelope()函数计算的结果输出到一个.csv文件里，可以根据输出结果自己作图；
### “row=FALSE”表示删除数值顺序编号，即第一列1~513数值。

## step 3
plot(cycl.ppp)
### 树种空间分布图
 
plot(cycl.envelope,xlab="尺度Scale (m)",ylab="K值K(r)",main="b",xlim=c(0,6))
### K分布格局

plot(cycl.envelope,xlab="尺度Scale (m)",ylab="G值G(r)",main="b",xlim=c(0,15))
### G分布格局
### xalb:x轴标题；ylab:y轴标题；main:图标题；xlim(调整x轴范围，即尺度范围)