使用conda/bioconda 安装各种生信分析软件

偶然听得来神器，安装各种生信软件时自动配置所需环境，一键安装，解决各种环境配置烦恼。

一. 安装anaconda或者miniconda

miniconda是简化版的anaconda，只含有python以及一些基本的包，安装方法基本一样，先到官网下载anaconda/miniconda，也可使用下面的命令下载安装

wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.3.1-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-4.3.1-Linux-x86_64.sh

二. 使用conda安装我们所需的软件

使用conda可以安装python的各种包而不仅仅局限于安装生信分析的软件，使用conda安装我们需要的生信软件时，需要使用相应的bioconda channel，具体命令如下：

conda install --channel bioconda package
#一个栗子,安装bwa
conda install --channel bioconda bwa

可以使用bioconda安装的软件都可以在https://anaconda.org/bioconda/repo 找到。

三. 配置conda安装软件源

conda默认安装软件源是国外的，所以安装速度可能会比较慢，将其替换为国内的镜像源能大大提高下载速度，有时还能解决http error，配置文件方式如下：

#在/home/user目录下创建.condarc文件
cd ~ ; vim .condarc
#在.condarc文件中写入如下内容，注意镜像地址放在最前，conda是从上往下寻找软件的
channels:  
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda  目前清华已有bioconda镜像源，使用起来速度更快
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/  
  - bioconda  
  - r  
  - defaults
show_channel_urls: true

配置好后就可以直接利用conda安装软件了 conda install biosoft。

四. 不足以及解决方案

能用conda安装的软件可以在https://bioconda.github.io/recipes 查找。
有些软件目前还不能使用conda安装，解决方法一是去官网下载源码或安装包安装，另一方法是根据报错将无法安装的部分先安装了，再来安装软件。
使用清华镜像源后安装软件是一直出现网络错误，把.condarc里面的- defaults channel 删掉就行了