linux Ubuntu安装及更新升级R教程

Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 18.04.3 LTS
Release:    18.04
Codename:   bionic

目录

  • 安装
  • 更新升级
  • 走过的坑

安装

今天下午安装了一下午的R,稍微记录一下吧。由于之前都是在window上安装R和Rstudio,傻瓜式next安装即可,由于实验室老服务器之前重装了,一直没有R,正好这两天在帮师兄跑一下svm,加上考虑到以后师弟师妹可能也要用,那就在服务器上安装一下吧。

  1. 首先来到R官网链接: link,点击镜像
    linux Ubuntu安装及更新升级R教程_第1张图片
  2. 来到镜像页面后,选择我们国内镜像,例如我选择的清华镜像
    linux Ubuntu安装及更新升级R教程_第2张图片
  3. 接下来,来到我们的linux系统下的 /etc/apt/sources.list,在里面添加清华镜像deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ bionic-cran35/,需要注意的是,不同的Ubuntu版本 以及不同的R版本是不一样的。这里是 Ubuntu18.04,下载R3.6.3版本。其他版本详细查看链接: readme.
    3
  4. 然后,添加进去之后,执行 sudo apt-get update,更新源。然后执行sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-dev下载。第一次安装很快成功。输入R,可看到下图linux Ubuntu安装及更新升级R教程_第3张图片
    即表示安装成功。输入q()退出R,到这里安装成功了。

更新升级

  1. 首先把之前的版本清除干净,remove 会删除软件包而保留软件的配置文件;purge 会同时清除软件包和软件的配置文件
sudo apt-get --purge remove r-base
sudo apt-get --purge remove r-base-core
sudo apt-get --purge remove r-base-dev
  1. 并且,之前的R包也需要清理
"/usr/local/lib/R/site-library"
"/usr/lib/R/site-library"
"/usr/lib/R/library"
  1. 由于我之前安装的是3.4版本,我现在需要升级为3.6.3版本,那么同样,我需要先进入 /etc/apt/sources.list文件,在里面添加清华镜像deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ bionic-cran35/.
    – 如果升级为4.0版本,那么更改为https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ bionic-cran40/,具体不同版本查看 readme.

  2. 然后更新key

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-base r-base-core  r-base-dev
  1. 到这里,就成功了。

走过的坑

  1. 在这里,我走过的坑是如下
r-base : Depends: r-recommended (= 3.6.2.20200221-1~ubuntu18.04.1~ppa1) but it is not going to be installed

这个是因为,source源中的版本和linux系统版本不一致,注意查看,我之前写成了16.04,因为我把linux版本给记错,之前没重装的时候才是16.04. sad~

  1. 另外,还出现这个错误,如果你是执行了,sudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev,那么可以试着备份一下cd /etc/apt/sources.list.d的新添加的文件,然后删掉,重新按照我上面的步骤升级更新。
The following packages have unmet dependencies:
 r-base-core : Depends: libcurl3 (>= 7.28.0) but it is not going to be installed
               Depends: libpng12-0 (>= 1.2.13-4) but it is not installable
               Depends: libreadline6 (>= 6.0) but it is not installable
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.
  1. 如果出现这个错误,我认为是你没有删除干净,导致依赖出现了问题,重新按照我上面的更新步骤,删除干净,以及检查你的源版本。如果两个都没问题,检查你的依赖,或者系统依赖退一个版本试试,由于我不是这个问题,正好搜到了这个答案,记录一下参考链接
  r-base : Depends: r-base-core (>= 3.6.2-1xenial) but it is not going to be installed
      Depends: r-recommended (= 3.6.2-1xenial) but it is not going to be installed
      Recommends: r-base-html but it is not going to be installed
 E: Unable to correct problems, you have held broken packages.
  • PPA
    https://blog.csdn.net/u012348774/article/details/80619803

参考文章
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-debian/2018-July/002926.html
https://superuser.com/questions/1422059/pixelbook-installing-r-base-dependency-with-held-broken-packages-error
https://ubuntuqa.com/article/6222.html
https://www.jianshu.com/p/c7960451f969

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