linux Ubuntu安装及更新升级R教程

Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 18.04.3 LTS
Release:    18.04
Codename:   bionic

安装

今天下午安装了一下午的R，稍微记录一下吧。由于之前都是在window上安装R和Rstudio，傻瓜式next安装即可，由于实验室老服务器之前重装了，一直没有R，正好这两天在帮师兄跑一下svm，加上考虑到以后师弟师妹可能也要用，那就在服务器上安装一下吧。

1. 首先来到R官网链接: link，点击镜像
   
2. 来到镜像页面后，选择我们国内镜像，例如我选择的清华镜像
   
3. 接下来，来到我们的linux系统下的 /etc/apt/sources.list，在里面添加清华镜像deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ bionic-cran35/，需要注意的是，不同的Ubuntu版本 以及不同的R版本是不一样的。这里是 Ubuntu18.04，下载R3.6.3版本。其他版本详细查看链接: readme.
   
4. 然后，添加进去之后，执行 sudo apt-get update，更新源。然后执行sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-dev下载。第一次安装很快成功。输入R，可看到下图
   即表示安装成功。输入q()退出R,到这里安装成功了。

更新升级

1. 首先把之前的版本清除干净，remove 会删除软件包而保留软件的配置文件；purge 会同时清除软件包和软件的配置文件

sudo apt-get --purge remove r-base
sudo apt-get --purge remove r-base-core
sudo apt-get --purge remove r-base-dev

2. 并且，之前的R包也需要清理

"/usr/local/lib/R/site-library"
"/usr/lib/R/site-library"
"/usr/lib/R/library"

3. 由于我之前安装的是3.4版本，我现在需要升级为3.6.3版本，那么同样，我需要先进入 /etc/apt/sources.list文件，在里面添加清华镜像deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ bionic-cran35/.
   – 如果升级为4.0版本，那么更改为https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ bionic-cran40/，具体不同版本查看 readme.

4. 然后更新key

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-base r-base-core  r-base-dev

5. 到这里，就成功了。

走过的坑

1. 在这里，我走过的坑是如下

r-base : Depends: r-recommended (= 3.6.2.20200221-1~ubuntu18.04.1~ppa1) but it is not going to be installed

这个是因为，source源中的版本和linux系统版本不一致，注意查看，我之前写成了16.04，因为我把linux版本给记错，之前没重装的时候才是16.04. sad~

2. 另外，还出现这个错误，如果你是执行了，sudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev，那么可以试着备份一下cd /etc/apt/sources.list.d的新添加的文件，然后删掉，重新按照我上面的步骤升级更新。

The following packages have unmet dependencies:
 r-base-core : Depends: libcurl3 (>= 7.28.0) but it is not going to be installed
               Depends: libpng12-0 (>= 1.2.13-4) but it is not installable
               Depends: libreadline6 (>= 6.0) but it is not installable
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

3. 如果出现这个错误，我认为是你没有删除干净，导致依赖出现了问题，重新按照我上面的更新步骤，删除干净，以及检查你的源版本。如果两个都没问题，检查你的依赖，或者系统依赖退一个版本试试，由于我不是这个问题，正好搜到了这个答案，记录一下参考链接

  r-base : Depends: r-base-core (>= 3.6.2-1xenial) but it is not going to be installed
      Depends: r-recommended (= 3.6.2-1xenial) but it is not going to be installed
      Recommends: r-base-html but it is not going to be installed
 E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

• PPA
  https://blog.csdn.net/u012348774/article/details/80619803

参考文章
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-debian/2018-July/002926.html
https://superuser.com/questions/1422059/pixelbook-installing-r-base-dependency-with-held-broken-packages-error
https://ubuntuqa.com/article/6222.html
https://www.jianshu.com/p/c7960451f969