PySurfer - learning examples

该文档是本人在阅读pysurfer的examples时把遇到的一些函数进行了摘录和注释，希望能对该软件的了解有所助益
详细例子见：http://pysurfer.github.io/examples/index.html

in plot_basics.py

Call the Brain object constructor with these parameters to initialize the visualization session.
sunject_id是被试编号，hemi是指定显示哪个半球等，surface是指定显示哪个皮层

brain = Brain(subject_id, hemi, surface)

in plot_fmri_activation.py

将激活数据（已经完成过体素到surfer的转换）overlay到之前打开的visualization session上，set threshold and showing only the positive activations.
brain.add_overlay(overlay_file,min=5,max=20,sign="pos")

You can then turn the overlay off.也就是说把overlay上去的激活从图中去掉
brain.overlays["sig"].remove()

这里为什么会出现”sig”？问题1
答：”sig”是内部字典overlays中其中一个overlay的名字，可以给add_overlay传递name关键字参数来设置, 这里的sig是在name=None时，内部程序按一定规则取的名字

in plot_fmri_activation_volume.py

将基于体素的文件数据投射到surface上，如果volume_file没有做过配准就需要配准文件reg_file
zstat=project_volume_data(volume_file,"lh",reg_file)

astype(bool)是什么意思？问题2

mask=project_volume_data(mask_file,"lh",subject_id="fsaverage",smooth_fwhm=0,projsum="max").astype(bool)

答：是强制类型转化的意思

将一个numpy数组中的数据显示到surface上

brain.add_data(mask,min=0,max=10,thresh=.5,colormap="bone",alpha=.6,colorbar=False)

下面是显示功能，具体参数的调整详见函数的docstring，像这个medial参数就是让visualization session以从内侧观看的角度显示大脑（其实可以直接靠鼠标旋转过去，效果是一样的）
brain.show_view("medial")

in plot_fmri_conjunction.py

Read both of the activation maps in using surfer’s io functions.

sig1=io.read_scalar_data(op.join('example_data',"lh.sig.nii.gz"))
sig2=io.read_scalar_data(op.join('example_data',"lh.alt_sig.nii.gz"))

A conjunction is defined as the minimum significance value between the two maps at each vertex.
conjunct = np.min(np.vstack((sig1, sig2)), axis=0)

将名为sig2的overlay的颜色设置为蓝色，好像默认是红色的

brain.overlays["sig2"].pos_bar.lut_mode="Blues" 
brain.overlays["sig2"].pos_bar.visible=False  # 隐藏pos_bar

in plot_foci.py

根据坐标或是顶点id，在流形曲面画焦点（类球面）

根据coords中的坐标（）在surface上加上焦点，颜色为金色
brain.add_foci(coords, map_surface="white", color="gold")
map_surface是干什么用的？问题3
答：是用来指出该surface是white（灰质和白质交界面）还是pial（软脑膜和灰质交界面）

Finally, plot the foci using the coords_as_verts option to center each sphere id at its vertex id.根据参数coords_as_verts的bool值来决定是坐标还是顶点ID

brain.add_foci(coords, coords_as_verts=True, scale_factor=scale_factor, color="#A52A2A")