SimpleITK读取医学影像文件

原文:https://blog.csdn.net/songchunxiao1991/article/details/79074604

SimpleITK
ITK是一个开源、跨平台的框架,提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件(推荐使用)。

Note:注意SimpleITK不支持中文,即路径中不能有中文

X射线图像对应的读取

import SimpleITK as sitk
filename = '*.dcm'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print(img_array.shape)

输出:(对应信息:frame_num, width, height)注意:img_array对应的是图像的矩阵信息

(1, 3328, 2560)

推荐用法:

import SimpleITK as sitk
filename = '*.dcm'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)[0]
print(img_array.shape)
输出:

(3328, 2560)

CT图像的读取

import SimpleITK as sitk
filename = '*.mhd'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print(img_array.shape)
输出:(对应信息:frame_num, width, height)帧参数:frame_num,代表CT扫描层数注意:img_array对应的是图像的矩阵信息

(133, 512, 512)

将CT影像拆分成多个单幅图像

方法一:

import SimpleITK as sitk
import cv2
filename = '*.mhd'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
frame_num, width, height = img_array.shape
outpath = 'F:/data/LUNA16'#存放拆分得到的图像路径
index = -1
for img_item in img_array:
    index = index + 1
    cv2.imwrite("%s/%d.png" % (outpath, index), img_item)
print("done!")

方法二:

import SimpleITK as sitk
import os
import cv2
filename = '*.mhd'
path = 'F:/data/LUNA16'   #存放拆分得到图像的路径
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
for i, im in enumerate(img_array):
  cv2.imwrite(os.path.join(path, '{}.png'.format(i)), im)

如下图所示是CT影像拆分出来的部分图像。拆分得到的图像大小均为512*512,总数是:frame_num张。

你可能感兴趣的:(深度学习,Tips)