Ubuntu18.04软件安装记录(2)：大型软件

折腾之后发现，各软件还是安装到默认目录比较好，避免遇到后续更新、安装库需要权限而失败等各种问题。

1. Anaconda3

安装Python集成环境：Anaconda3

1.1 下载Anaconda最新安装包

官网：https://www.anaconda.com/download/#linux
官网下载速度很慢，可到清华镜像站下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
20181120最新：Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh文件

1.2 安装Anaconda3

终端执行：sudo bash Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh（因为要更改默认安装位置，需要root权限，故使用sudo）
接下来就是同意协议，更改默认安装位置(/home/famir/anaconda3)为/usr/local/anaconda3，同意环境变量设置：安装程序自动在~/.bashrc文件中写入以下内容：

# added by Anaconda3 5.3.0 installer
# >>> conda init >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$(CONDA_REPORT_ERRORS=false '/usr/local/anaconda3/bin/conda' shell.bash hook 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    \eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/usr/local/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/usr/local/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
        CONDA_CHANGEPS1=false conda activate base
    else
        \export PATH="/usr/local/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda init <<<

因为我的个人配置文件是.shrc，拷贝以上内容粘贴到~/.shrc文件最后，保存关闭。安装完毕。

1.3 验证安装

通过重启终端或者执行’source ~/.zshrc"加载环境变量。
可选择查看如下命令：anaconda-navigator, conda info, conda list, python, which python, ipython, jupyter notebook

1.4 更改jupyter notebook的默认工作路径

因为安装了双系统，很多代码文件放在Win10的D盘，需要把jupyter notebook的默认工作目录更改到我的代码目录。
1.永久更改Jupyter notebook默认工作路径
生成配置文件：jupyter-notebook --generate-config
打开配置文件：gedit ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py，找到如下文字：

#c.NotebookApp.default_url = ' '

改为（记得把前面的#号删掉，否则不生效）：

c.NotebookApp.notebook_dir = '/home/data/code/jupyter'

此时，Jupyter notebook的默认工作路径就变成了/home/data/code/jupyter
注：该方法只能通过home目录启动Jupyter notebook，从其他目录启动会出现Jupyter notebook网页无法显示的状态。即启动方式如下（终端）：$ jupyter notebook
2.单次更改Jupyter notebook默认工作路径
在终端中cd到目标目录：cd /home/data/code/jupyter
启动Jupyter notebook：/home/data/code/jupyter$ jupyter notebook
注：该方法的前提是不对Jupyter notebook的配置文件jupyter_notebook_config.py做任何更改。
参考：Python: linux Ubuntu 16.04 下Jupyter notebook改变默认目录路径

1.5 一些问题

1.5.1 conda和pip联网安装第三方包遇到的问题

一般情况下终端中直接：conda install packge_name或者pip install packge_name ，但是conda可能找不到包，pip又权限不够。
可去anaconda官网下载包文件离线安装（安装卸载都麻烦），或采用pip install --user packge_name安装在当前用户文件夹下（不和anaconda其他的包在一个路径，不太好），通过更改anaconda3文件夹的所有者的办法解决：
sudo chown -R $USER:$USER /usr/local/anaconda3

注：Anaconda的python包默认安装路径`/usr/local/anaconda3/lib/python3.7/site-packages`

1.5.2 pip安装、卸载本地第三方包

参考：python第三方库安装和卸载注意事项

1.5.3 Anaconda的使用

参考：Anaconda使用总结
pip常用命令：https://www.cnblogs.com/domestique/p/7859352.html

1.6 卸载Anaconda

先删除环境变量，再删除Anaconda文件夹

参考：Linux(Ubuntu 18.04)上安装Anaconda步骤详解

2. Pycharm

2.1 下载Pycharm最新安装包

官网:https://www.jetbrains.com/pycharm/download/#section=linux ，选择专业版(教育邮箱免费）或者社区版（完全免费)
20190105最新：pycharm-professional-2018.3.2.tar.gz文件

2.2 安装Pycharm

终端输入:

(sudo) tar xfz pycharm-professional-2018.3.2.tar.gz -C /usr/local/     # /usr/local/ 为安装路径，可更改(需保证你有rw权限)
重命名/usr/local/pycharm-2018.3.2为/usr/local/pycharm
cd /usr/local/pycharm/bin
./pycharm.sh     # 运行安装脚本

安装时选择Do not import settings，Darcula themes，使用JetBrains Account激活(已经使用教育邮箱注册了账号）

2.3 创建快捷方式

创建快捷方式文件:sudo gedit /usr/share/applications/pycharm.desktop
添加如下内容，保存退出:

[Desktop Entry]         #（必选）标签开始，说明这是一个Desktop Entry文件
Version=1.0             # 本文件所遵循的桌面配置项规范的版本
Name=Pycharm            #（必选）程序名称
Comment=Pycharm         # 程序描述，注释：鼠标经过上面时的提示名称
Encoding=UTF-8          # 编码方式
Exec=/usr/local/pycharm/bin/pycharm.sh      #（必选）程序的启动命令，可以带参数运行
Icon=/usr/local/pycharm/bin/pycharm.png     # 快捷方式图标绝对路径
Terminal=false          # 是否需要在终端中运行，数值是布尔值（true 或 false）
Type=Application        #（必选）desktop的类型，Application:应用程序的菜单项；Link:链接到文件、文件夹或FTP站点的菜单项；Directory:目录
Categories=Application;Development  # 菜单所属类别，可以确定该菜单的位置

添加可执行权限：sudo chmod +x /usr/share/applications/pycharm.desktop （似乎不需要此步骤)
现在可以从快捷方式启动了。
Desktop Entry设置参考:https://wiki.archlinux.org/index.php/Desktop_entries_(简体中文)

2.4 设置解释器为Anaconda解释器

File>Settings>Project>Project Interpreter>右上角设置按钮Add>Virtualenv Environment>Existing environment>找到/usr/local/anaconda3/bin/python>勾选Make available to all projects>OK

参考:https://www.jetbrains.com/help/pycharm/install-and-set-up-pycharm.html#linux

2.5 一些问题

2.5.1 终端运行pycharm时出现如下提示

# 此问题尚未解决                          
Gtk-Message: 04:11:40.678: Failed to load module "canberra-gtk-module"

2.5.2 软件中更新时提示没有权限

PyCharm在更新时提示pycharm does not have write access to /usr/local/pycharm-2018.2.4 Please run it by a privileged user to update
这是因为安装在了对当前用户有写入权限限制的目录下，尝试更改该目录的权限未解决问题，后更改该目录所有者解决问题：
终端中输入：sudo chown -R $USER:$USER /usr/local/pycharm-2018.2.4

注：当遇到其他软件如Android Studio等遇到类似问题时，也可以使用此方法解决。

参考：pycharm更新没有写入权限解决办法

2.6 卸载Pycharm

删除安装目录：sudo rm -r /usr/local/pycharm
删除用户配置信息目录：rm -r ~/.PyCharm2018.3
删除快捷方式文件：sudo rm /usr/share/applications/pycharm.desktop

3. Matlab

3.1 安装Matlab2018a

注：Matlab2018a for Linux安装镜像12.8G，完整安装完成后占用磁盘空间21G左右，安装前需准备足够的磁盘空间。
软件包下载于六维。含有如下文件：

解压文件[neubt]MATLAB R2018a Linux64 Crack.zip，如下：

在镜像文件所在目录打开终端：

sudo mkdir /media/matlab
sudo mount -o loop R2018a_glnxa64_dvd1.iso /media/matlab/

接下来：

cd
sudo /media/matlab/install   # install文件路径

进入安装程序：
使用文件安装密钥 > 接受条款 > 已有密钥：复制readme.txt中的第1个密钥填入 > 设置安装路径：这里选择/home/famir/appfiles/MATLAB/R2018a > 选择产品 > 确认安装 > 等待提示插入DVD2：在镜像文件所在目录新打开一个终端：

sudo mount -o loop R2018a_glnxa64_dvd2.iso /media/matlab/

点击确定完成安装。
卸载镜像文件：sudo umount /media/matlab（需要执行两遍，因为覆盖挂载了两个ISO文件）
删除该文件夹：sudo rmdir /media/matlab

3.2 激活

sudo chown -R $USER:$USER /home/famir/appfiles/MATLAB
将license_standalone.lic文件拷贝到方便使用的路径，如/home/famir/appfiles/MATLAB/
cd /home/famir/appfiles/MATLAB
chmod 777 R2018a   # 给安装路径下的R2018a文件夹添加权限
sudo nautilus   # 打开具有root权限的文件管理器
在具有root权限的文件管理器中，将破解文件夹中的R2018a/bin/glnxa64/matlab_startup_plugins/lmgrimpl/libmwlmgrimpl.so文件拷贝到安装路径下对应目录
/home/famir/appfiles/MATLAB/R2018a/bin/matlab   #运行matlab，弹出激活对话框，选择不联网手动激活，加载license_standalone.lic文件，完成破解

破解完成后，输入指令即可运行：/home/famir/appfiles/MATLAB/R2018a/bin/matlab

注意：网上有些教程在激活时没有给权限的步骤，是因为安装路径不同：如果安装在系统文件夹，必须先给权限，否则会失败；如果安装在自己的用户文件夹，则不必先给权限。
在Linux系统中操作文件或者文件夹都需要注意这一点。

3.3 创建快捷方式

sudo gedit /usr/share/applications/Matlab.desktop
添加如下内容，保存退出:

[Desktop Entry]
Name=MATLAB R2018a
Comment=Matlab
Encoding=UTF-8
Exec=/home/famir/appfiles/MATLAB/R2018a/bin/matlab -desktop   # 注意需要带-desktop参数，否则可能闪退
Icon=/home/famir/appfiles/MATLAB/R2018a/toolbox/shared/dastudio/resources/MatlabIcon.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Application;

点击图标，即可启动Matlab

3.4 修改默认启动路径

sudo gedit /home/famir/appfiles/MATLAB/R2018a/toolbox/local/matlabrc.m
# 在文件最后加上：
% 20190106 by famir（注释文字，非必要）
cd '/home/data/Code/Matlab'

注：此方法在Linux和Win系统中通用。

以上参考：
详尽!Ubuntu16.04LTS安装Matlab2016b!(2018.4重编版)
ubuntu16.04安装matlab2016b
matlab修改打开时的默认路径的最简单使用的方法

3.5 一些问题

3.5.1 解决.m文件中文注释乱码

Win中.m文件采用的是gbk编码，Ubuntu中使用的是UTF-8编码。按以下步骤把gbk编码的.m文件转换为UTF-8编码：

sudo apt-get install enca     # 安装enca
cd [path]        # cd到m文件所在的文件夹
enca -x utf-8 *    # 将所有m文件转为UTF-8

参考：Ubuntu下Matlab中文注释乱码解决方案

3.5.2 字体设置

在Linux下 尤其是在AwesomeWM中 matlab的字体锯齿化显著 难看
主页→预设→字体→勾选“使用消除锯齿功能来平滑桌面字体”
更多调整参考：Matlab_R2014b linux版 安装笔记

3.5.3 将MATLAB键盘操作改回Windows风格

MATLAB的glnxa版本默认使用Emacs风格，例如使用Alt+W复制，用Ctrl+Y粘贴，如果不习惯Emacs风格的操作方式，可以修改为Windows默认方式。
  具体操作如下：在菜单栏的主页标签→预设打开预设项窗口，在MATLAB→键盘→快捷方式找到活动设置，在下拉菜单中选择Windows默认集，点击确定即可。

3.5.4 解决无法使用帮助文档的问题

MATLAB R2017a之后版本的一个新特性是：函数文档支持在线预览。对于购买正版授权的个人用户或学校机房来说，登录账户的确可以体验到在线文档带来的更多新特性，但对于盗版破解用户来说，因为在线文档和用户购买的许可证绑定，于是我们登录后仍旧无法使用doc命令的文档查看功能。
不过，MATLAB新版仍旧保留了本地文档，在菜单栏的主页标签→预设打开预设项窗口，在MATLAB→帮助找到文档位置，选中安装在本地，点击确定即可。
这样，我们又可以使用doc命令查看本地文档了。

3.5.5 设置路径的权限问题

添加工具包时因为权限问题而失败，需更改路径配置文件pathdef.m的权限：

cd /home/famir/appfiles/MATLAB/R2018a/toolbox/local
sudo chmod 777 pathdef.m

参考：https://www.jianshu.com/p/b4bc46de8a16

3.6 卸载Matlab

对于破解版无需反激活
删除MATLAB的所有文件：sudo rm -rf /home/famir/appfiles/MATLAB
删除所有MATLAB的关联文件：sudo rm /usr/local/bin/matlab /usr/local/bin/mcc /usr/local/bin/mex /usr/local/bin/mbuild
参考：https://www.jianshu.com/p/a74a5499a8e1