VoxelMorph代码配置

我在Anaconda已提前安装TensorFlow和Keras包的虚拟环境下完成如下配置
第一步，去github上下载voxelmorph代码
点击Clone or download

第二步，下载所需包
我都是从镜像网站https://pypi.douban.com/simple下载，以防超时问题

pip  --timeout=500 install nibabel -i https://pypi.douban.com/simple
pip --timeout=500 install tqdm -i https://pypi.douban.com/simple
pip --timeout=500 install Pillow -i https://pypi.douban.com/simple
pip --timeout=500 install matplotlib -i https://pypi.douban.com/simple

其中，tqdm是第三方进度条库。

第三步，按照github中voxelmorph的安装说明，将.\voxelmorph-master\ext\neuron、.\voxelmorph-master\ext\pynd-lib、.\voxelmorph-master\ext\pytools-lib三个包放到python可以找到的地方
具体做法如下：
在.\Anaconda\envs\TensorFlow–GPU\Lib\site-packages中新建一个.pth数据格式的文件（名字可随意），将以上三个包的路径写进去，一行一个路径。例如我的pythonmodule.pth文件里面是

E:\\voxelmorph-master\\ext\\neuron
E:\\voxelmorph-master\\ext\\pynd-lib
E:\\voxelmorph-master\\ext\\pytools-lib
我将voxelmorph文件直接解压到E盘

至于为什么没按官方文档中用export命令添加路径，我在文章最后会有说明。

第四步，运行命令

python E:\voxelmorph-master\src\register.py --gpu 0 E:\voxelmorph-master\data\test_vol.nii.gz E:\voxelmorph-master\data\atlas_norm.nii.gz --out_img E:\voxelmorph-master\data\out.nii.gz --model_file E:\voxelmorph-master\models\cvpr2018_vm2_cc.h5 

为什么我没有用export PYTHONPATH的方式添加命令？
首先，在Python交互环境中使用export PYTHONPATH的方式会出现错误syntax error，原因是在Python“交互式shell”中，它不是有效的Python，而是一个命令(bash) shell语句。具体详见https://stackoverflow.com/questions/3107696/export-pythonpath-syntax-error
之后我又使用sys.path.append(path)的方式添加路径，结果发现在退出python环境后自己添加的路径就会自动消失了！
所以最后我采用了创建.pth文件的方式永久添加路径。