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GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Genesymbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础数据的下载和处理首先在GEO数据库中通过GSEID找到相关数据，然后下载txt文件。数据读取与处理。#设置工作路径，也就是你的分析数据存放以及要保存到地方setwd(dir="C:\\Users\\LiaoMinzhen\\PycharmProjects
生物信息名词汇总|生物信息基础知识 Red Red 生信小技巧学习笔记
生物信息名词汇总|生物信息基础知识GWAS-Genome-wideassociationstudies，全基因组关联研究：用于识别遗传区域（基因组）和性状/疾病之间关联的方法。Predixcan：GWAS找到大量的SNP，可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。gene-based关联分析软件——PredicXcan。PrediXcan包括两个步骤:-在具有可用基因型的队列中预测基因表达(
推荐一份生物信息学入门很好的参考材料小明的数据分析笔记本
链接是https://bioinformatics.uconn.edu/resources-and-events/tutorials-2/这个是康涅狄格大学（UniversityofConnecticut）提供的一份教程，主要的内容包括1、生物信息学中经常用到的文件格式image.png2、linux操作系统和R语言的基础知识image.png3、转录组数据的处理流程image.png这里包括有参
【机器学习】朴素贝叶斯方法的概率图表示以及贝叶斯统计中的共轭先验方法 Lossya 机器学习概率论人工智能朴素贝叶斯共轭先验
引言朴素贝叶斯方法是一种基于贝叶斯定理的简单概率模型，它假设特征之间相互独立。文章目录引言一、朴素贝叶斯方法的概率图表示1.1节点表示1.2边表示1.3无其他连接1.4总结二、朴素贝叶斯的应用场景2.1文本分类2.2推荐系统2.3医疗诊断2.4欺诈检测2.5情感分析2.6邮件过滤2.7信息检索2.8生物信息学三、朴素贝叶斯的优点四、朴素贝叶斯的局限性4.1特征独立性假设4.2敏感于输入数据的表示4
零基础入门生信数据分析——导读呆猪儿生信之转录组——上游分析生信之转录组——下游分析学习方法 r语言数据分析数据库数据挖掘需求分析大数据
零基础入门生信数据分析——导读生信数据分析，即生物信息学数据分析，是一个涵盖了生物学、计算机科学、数学和统计学等多个领域的交叉学科。它主要利用计算机算法和统计方法对生物学数据进行处理、分析和解释，以揭示生物分子、细胞、组织和生物体等各个层次的生物学规律和机制。本帖主要是为生信数据分析的各个分析点提供跳转链接（简单说就是提供了一个目录供大家选择自己想要的知识点可以直接跳转）关联的生信数据分析的分析点
http://www.cnpop.org/portal.php,生物信息的84个新晋网红应用 weixin_39699163
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NCBI BLAST+：分析生物内在编码的工具 belldeep 生物信息学 Blast 生物数据分析
在生物信息学的广阔领域中，NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）开发的BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool，基本局部比对搜索工具）无疑是一把不可或缺的分析工具。NCBIBLAST+，作为其最新版本2.16.0+，为科研工作者提供了一套强大的序列比对和搜索功能，帮助解析生命现象背后的遗
【图论简介】 WA-自动机图论深度优先算法架构后端前端面试
图论简介图论是一门数学分支，主要研究图（Graph）的性质、结构和应用。图论在计算机科学、网络理论、优化问题、生物信息学等多个领域都有广泛的应用。本文将简要介绍图论的基本概念、常见算法及其在实际中的应用。一、图的基本概念图（Graph）：图是由一组顶点（Vertices）和连接顶点的边（Edges）组成的结构。可以表示为(G=(V,E))，其中(V)是顶点的集合，(E)是边的集合。根据边的不同属性
生信圆桌：专业生信服务器与平台服务的提供者生信圆桌x生信云服务器服务器人工智能运维
生信圆桌是一个专注于提供生物信息学（生信）服务器和平台服务的领先企业，致力于为全球科研机构、企业和独立研究者提供高性能的生信分析解决方案。随着生物信息学研究对计算资源的需求日益增加，生信圆桌凭借其先进的服务器技术和专业的服务团队，成为了生信领域中不可或缺的合作伙伴。访问生信圆桌,使用生信云。高效分析少走弯路www.tebteb.cc生信圆桌的核心服务高性能生信服务器定制：生信圆桌为客户提供定制化的
用Python实现生信分析——基序（Motif）识别详解写代码的M教授生信分析 python 开发语言
1.什么是基序（Motif）？在生物信息学中，基序（Motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留，因为它们在生物学功能中起着重要作用。例如，在DNA序列中，基序可能是一个转录因子结合位点；在蛋白质序列中，基序可能是一个具有特定功能的结构域。基序识别是指从一组生物序列中识别出保守的短序列片段，这对于功能预测、基因调控网络分析
数据结构与算法——动态规划 passion更好数据结构 C++动态规划算法
目录引言最优子结构重叠子问题打家劫舍（LeetCode198题）经典例题1.爬楼梯（LeetCode70题）2.斐波那契数列（LeetCode126题）3.最长公共子序列（LeetCode95题）引言动态规划（DynamicProgramming,简称DP）是一种在数学、计算机科学、经济学和生物信息学等领域广泛使用的算法设计技术。它通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式，来求解复杂问题。动态规划
深度学习——概念引入韶光流年都束之高阁深度学习日记深度学习人工智能职场和发展
深度学习深度学习简介深度学习分类根据网络结构划分：循环神经网络卷积神经网络根据学习方式划分：监督学习无监督学习半监督学习根据应用领域划分：计算机视觉自然语言处理语音识别生物信息学深度学习简介深度学习（DeepLearning，DL）是机器学习领域中的一个新的研究方向，主要是通过学习样本数据的内在规律和表示层次，让机器能够具有类似于人类的分析学习能力。深度学习的最终目标是让机器能够识别和解释各种数据
考研调剂：中医生命科学菌心说双脑论
科学网—考研调剂——欢迎研究生调剂到我们的招生专业方向“中西医结合基础”：中医药与肠道菌群、生物信息学等交叉学科-张成岗的博文http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=40692&do=blog&id=1281078欢迎各位有志于从事中医生命科学、解码中医、中西医结合以及医学与数学、计算机科学等交叉学科研究的青年才俊加入我们的研究团队，共同见
2020-04-07 liuyang2020
学习小组Day2笔记--linux入门（刘阳）1.为什么学习linux大多数人用的是可视化界面，便捷的windows，linux用户量比较少，但是需要知道，linux的功能相当的强大，对于数据处理、程序运行方面的优势，那是其它的系统无法比拟的，生物信息学数据处理对电脑要求较高，因此学习linux，，嘿嘿，大势所趋。2.linux操作2.1登录远程登录linux服务器，好像有很多连接软件，今天尝试应
Bioinformatic workflow 小潤澤
给大家推荐个网站：https://bioinformaticsworkbook.org/projectManagement/Intro_projectManagement#gsc.tab=0这个网站适合于刚入门的生物信息同学，里面涉及到一些NGS的流程软件介绍以获得原作者的授权：原推文链接：https://twitter.com/tangming2005/status/12401074132289
Python在生物信息学中的应用：有序字典简说基因-专业生信合作伙伴 python 开发语言
我们知道，通过{}创建的字典是无序的。如何创建有序字典呢？解决方案可以使用collections模块中的OrderedDict类。当对字典做迭代时，它会严格按照元素添加的顺序进行。例如：from collection import OrderedDictd=OrderedDict()d['1st'] = 1d['2nd'] = 2d['3rd'] = 3d['4th']=4forkeyind:
Python在生物信息学中的应用：同时对数据做转换和换算简说基因-专业生信合作伙伴 python 开发语言
我们需要调用一个换算（reduction）函数，例如sum()、min()、max()等，但首先得对数据做转换或筛选。解决方案一种优雅的方式能将数据换算和转换结合在一起，即在函数中使用生成器表达式。例如，要计算平方和，可以这样：nums=[1,2,3,4,5]s=sum(x*xforxinnums)更多的例子：#Determineifany.pyfilesexistinadirectoryimpo
Python在生物信息学中的应用：列表推导式简说基因-专业生信合作伙伴 python windows 开发语言
列表中有一些数据，我们想提取或删除某些值，该怎么办？解决方案最简单的方法是使用列表推导式（listcomprehension）。例如：>>>mylist=[1,4,-5,10,-7,2,3,-1]>>>[nforninmylistifn>0][1,4,10,2,3]>>>[nforninmylistifn>>列表推导式的使用需要注意其内存占用，当原始列表比较大时，其内存占用较高，可以使用生成器表达
最长公共子序列(LCS) 算法
定义(维基百科)在一个序列集合中（通常为两个序列）查找所有序列中最长的子序列。这与查找最长公共子串的问题不同的地方是：子序列不需要在原序列中占用连续的位置。最长公共子序列问题是一个经典的计算机科学问题，也是数据比较程序，比如Diff工具和生物信息学应用的基础。它也被广泛地应用在版本控制，比如Git用来调和文件之间的改变解决方案这类问题通常都是采用动态规划的思想来解决，核心就是构造出动态解决方程。以
自学生物信息学 gtt儿_生物信息学习
我是生物工程专业出身，在大三保研时选择了生物信息的道路，到现在为止已经在行业里摸爬滚打了6年的时间，在这6年的学习之路上疑惑过，也迷茫过，特此把我学习的过程以及遇到的问题总结出来以让大家避免出现同样的问题。在我学习生物信息过程的基础上带着大家顺畅的走一遍。在学习生物信息学之前，我们先来了解一下什么是生物信息学。生物信息学，顾名思义，生物学和信息学的结合。生物学，这个对大家比较简单，基本入生信行的同
我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎闲月农
贺建奎，原南方科技大学副教授，毕业于美国斯坦福大学，拥有多学科交叉的背景，并在基因测序仪研究，CRISPR基因编辑，生物信息学等多个领域取得研究突破。2018年11月26日，贺建奎“基因编辑婴儿”事件引发轩然大波。2018年12月19日，贺建奎入选《Nature》年度十大科学人物。2019年4月18日，上榜美国《时代》杂志（Time）2019年度全球百位最具影响力人物榜单。2019年12月30日，
2022-01-27 学习生信的小兔子
参考：生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息，一般用ATCGN来表示，其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号；第3行以“+”开始，可以储存一些附加信息，但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。第4行储存的是质量信息，与第2行的碱基序列是一一对应的，其中的每一个符号对应的ASCII值是经过换
金域医学：医检行业顶级学术委员会成立，钟南山院士任主席里昂杰森
4位院士领衔23位顶级专家加盟,金域医学“最强大脑”助力中国医学检验2017年12月1日，国内第三方医学检验行业的开拓者和引领者广州金域医学检验集团在广州国际生物岛总部，召开金域医学学术委员会成立大会暨金域学术汇报会由呼吸系统疾病专家、中国工程院院士钟南山出任委员会主席，医学遗传学家、中国工程院院士曾溢滔，生物信息学家、中国科学院院士陈润生，以及我国著名肾脏病专家、中国科学院院士侯凡凡出任委员会顾
机器学习系列——（十九）层次聚类飞影铠甲机器学习机器学习聚类人工智能
引言在机器学习和数据挖掘领域，聚类算法是一种重要的无监督学习方法，它试图将数据集中的样本分组，使得同一组内的样本相似度高，不同组间的样本相似度低。层次聚类（HierarchicalClustering）是聚类算法中的一种，以其独特的层次分解方式，在各种应用场景中得到广泛应用，如生物信息学、图像分析、社交网络分析等。一、概述层次聚类算法主要分为两大类：凝聚的层次聚类（AgglomerativeHie
东南大学-生物信息学 wangchuang2017
http://www.lmbe.seu.edu.cn/chenyuan/xsun/bioinfomatics/Web/Index.html目录image第1章生物信息学引论第2章生物信息学的生物学基础第3章序列比较第4章生物分子数据库第5章基因组信息分析第6章系统发生分析第7章蛋白质结构预测第8章基因表达数据分析附录常用基本词汇表
TCGA新版数据库表达矩阵提取医学和生信笔记
本文首发于公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。现在使用TCGAbiolinks下载转录组数据后，直接是一个SummarizedExperiment对象，这个对象非常重要且好用。因为里面直接包含了表达矩阵、样本信息、基因信息，可以非常方便的通过内置函数直
R语言可视化学习笔记之ggridges包生信宝典 R 生物信息生物信息可视化
作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate|诺奖文章里面的动图布局教程来了！！ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo|置换序列分析图ggplot2高效实用指南（可视化脚本，工具，套路，配色）简介ggridges。主要包用来绘制山峦图产品尤其的英文针对时间或者空间分布****可视化。具有十分好的效
microRNA数据库与预测、功能分析软件大全 Seurat_Satija
在microRNA的研究中，生物信息学发挥越来越重要的作用，以下是microRNA相关的数据库与预测、功能分析软件，绝对值得收藏。1.miRBase:http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词
（悬疑幻想）我（28）许益杰的行踪梦幻泡影1980
魏虹话音刚落，张沃之和樊志滨都不约而同地惊呼道：“死者怎么可能会是王万杰？”“一定就是他！这回我绝不会弄错！上次，就是因为他的死而复生才使我的业务水准备受质疑！可谁能料想，一个被我和拘留所的王法医都鉴定为窒息身亡的犯人居然死而复生了！因此在事发之后，我特意保留了王万杰所有的生物信息。没想到这些数据还真和抛尸案的死者对上了号！”魏虹似乎很有把握。“沃之，这小子不是早就被你们释放了么？为什么他又能在近
从列表中删除元素|自学生信Python（第十六天）天明豆豆
从列表中删除元素Python有从数据结构对象，如列表和字典中去除数据项的函数。写在前面的话：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。了解到生物信息学要有编程基础，尤其是要会一门编程语言，例如：R语言、Python、Perl等，还要熟悉Linux系统，作为生信小白，听说Python挺简单的，于是就自学了Python，花了两天时间了解了Python的基础语
戴尔笔记本win8系统改装win7系统 sophia天雪 win7 戴尔改装系统 win8
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MyEclipse中文乱码问题 0624chenhong MyEclipse
一、设置新建常见文件的默认编码格式，也就是文件保存的格式。在不对MyEclipse进行设置的时候，默认保存文件的编码，一般跟简体中文操作系统（如windows2000，windowsXP）的编码一致，即GBK。在简体中文系统下，ANSI 编码代表 GBK编码;在日文操作系统下，ANSI 编码代表 JIS 编码。 Window-->Preferences-->General -
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NTT研究表明，尽管SQL注入（SQLi）型攻击记录详尽且为人熟知，但目前网络应用程序仍然是SQLi攻击的重灾区。信息安全和风险管理公司NTTCom Security发布的《2015全球智能威胁风险报告》表明，目前黑客攻击网络应用程序方式中最流行的，要数SQLi攻击。报告对去年发生的60亿攻击行为进行分析，指出SQLi攻击是最常见的网络应用程序攻击方式。全球网络应用程序攻击中，SQLi攻击占
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最开始遇到这个错误是很早以前了，以前也没注意，只当是一个不理解的bug，因为所有的texture，textureregion都没有问题，但是就是提示错误。昨天和美工要图片，本来是要背景透明的png格式，可是她却给了我一个jpg的。说明了之后她说没法改，因为没有png这个保存选项。我就看了一下，和她要了psd的文件，还好我有一点
自己写的一个繁体到简体的转换程序 asialee java 转换繁体 filter 简体
今天调研一个任务，基于java的filter实现繁体到简体的转换，于是写了一个demo，给各位博友奉上，欢迎批评指正。实现的思路是重载request的调取参数的几个方法，然后做下转换。
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Intent是在activity之间传递数据;Intent的传递分为显示传递和隐式传递显式意图：调用Intent.setComponent() 或 Intent.setClassName() 或 Intent.setClass()方法明确指定了组件名的Intent为显式意图，显式意图明确指定了Intent应该传递给哪个组件。隐式意图;不指明调用的名称,根据设
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在spring 3.0中，可以通过使用@value，对一些如xxx.properties文件中的文件，进行键值对的注入，例子如下： 1.首先在applicationContext.xml中加入： <beans xmlns="http://www.springframework.
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记录-感悟 braveCS 感悟
再翻翻以前写的感悟，有时会发现自己很幼稚，也会让自己找回初心。 2015-1-11 1. 能在工作之余学习感兴趣的东西已经很幸福了； 2. 要改变自己，不能这样一直在原来区域，要突破安全区舒适区，才能提高自己，往好的方面发展； 3. 多反省多思考；要会用工具，而不是变成工具的奴隶； 4. 一天内集中一个定长时间段看最新资讯和偏流式博
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