Ubuntu16 MPICH2和DOCKER的环境搭建

1. Java环境搭建

1.1 下载JDK并进行解压

这里选择安装的是sun-jdk8（非open-jdk），到官网上下载安装包。
如图所示：

下载完成后进行解压：

tar -zxvf jdk-8u171-linux-x64.tar.gz

1.2 设置环境变量

sudo gedit ~/.bashrc  

再文件最后加上：
JAVA_HOME 为解压后得到的文件夹所在位置

export JAVA_HOME=~/usr/jdk1.8.0_171  
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar  
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH  

保存退出后，使配置生效：

source ~/.bashrc  

验证：

java -version  

2. 安装Mpich2

2.1 下载并解压Mpich

到官网下载“mpich-3.2.1.tar.gz”
下载完成后同样进行解压：

tar zxvf mpich-3.2.1.tar.gz

2.2 编译和配置

2.2.1 进入解压后文件夹，设置安装目录：

./configure -prefix=/usr/mpich

2.2.2 编译和安装：

make过程中可能会出现“No targets specified and no makefile found. Stop.”，应该是没有安装fortran,使用如下命令安装：

sudo apt-get install gfortran

然后重新执行2.2.1，然后编译安装

sudo make
sudo make install

2.2.3 设置环境变量

sudo gedit /etc/environment 

在末尾加上“/usr/mpich/bin”（即刚刚的安装目录的bin文件夹），如图：
(修改：以下/opt改为/usr)

使用如下命令测试是否成功：

which mpicc 
which mpiexec 

2.2.4 测试

进入mpich源文件目录下的examples文件夹，首先编译执行cpi.c文件：

mpicc cpi.c -o cpi
mpiexec ./cpi

运行结果如图：

2.2.5 使用mpich编译运行hello_world

#include    
#include "mpi.h"  
int main(int argv,char* argc[]){   
      MPI_Init(&argv,&argc) ;   
      printf("hello world") ;   
      MPI_Finalize() ;   
      return 0 ;   
}

代码如上，使用如下命令编译运行：

mpicc -o hello 'hello.c'
./hello

3.设置SSH免密登录

sudo rm  -r ~/.ssh 
ssh-keygen -t rsa -P '' -f ~/.ssh/id_dsa
cat ~/.ssh/id_dsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys

输完后进行测试：

ssh localhost

如果出现“connection refused”的错，重新安装ssh然后再执行上述命令：

sudo apt-get install openssh-server
sudo apt-get install openssh-client

4. Docker安装

4.1 更新apt包

 sudo apt-get update

4.2 安装https支持

sudo apt-get install \
    apt-transport-https \
    ca-certificates \
    curl \
    software-properties-common

4.3 添加官方GPG秘钥：

这里我安装的时候每次都失败，查了一下，应该是网络的问题，所以这边我使用的国内的镜像进行添加：

curl fsSL https://download.daocloud.io/docker/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -

使用如下命令验证是否成功：

sudo apt-key fingerprint 0EBFCD88

4.4 设置稳定镜像仓库

sudo add-apt-repository \
   "deb [arch=$(dpkg --print-architecture)] https://download.daocloud.io/docker/linux/ubuntu \
    $(lsb_release -cs) \
 stable"

4.5 安装Docker CE（Community Editon）

sudo apt-get update
sudo apt-get install docker-ce

4.6 启动Docker

sudo service docker start
sudo service docker status #查看docker的运行情况

4.7 Docker换源

到https://www.daocloud.io/mirror#accelerator-doc，然后根据指示换源。
通常情况下，输入以下命令：

curl -sSL https://get.daocloud.io/daotools/set_mirror.sh | sh -s 

4.8 Pull并run ubuntu镜像

sudo docker pull ubuntu

sudo docker run -t -i ubuntu /bin/bash