Spark安装常见问题（Linux）

$JAVA_HOME/bin/java -version与java -version显示版本不同

问题描述：Ubuntu默认为Java 11 ，安装下载了Java 8之后，修改了系统变量后两种方式显示的版本不同。
解决方法：Linux下java -version版本不对
该文最后两处代码有误，应为：

$ ln -s $JAVA_HOME/bin/javac /usr/bin/javac
$ ln -s $JAVA_HOME/bin/java /usr/bin/java

解压Bowtie/Bowtie2后，执行make指令出现以下致命错误。

错误类型 1

threading.h:29:11: fatal error: tbb/mutex.h: 没有那个文件或目录 //出现tbb/xxx等错误
 # include <tbb/mutex.h>
           ^~~~~~~~~~~~~
compilation terminated.

原因：缺少tbb
解决方法：

tbb: 使用预编译头文件和静态库

1. 去官网下载软件安装包 ->link
   下载形如tbbxx_xxxxxxxxoss_src.tgz格式的软件包
2. 解压软件包，个人是解压到/usr/local文件夹下

$ sudo tar -zxvf tbb43_20150611oss_src.tgz  -C /usr/local/ //-C后路径可以更改

3. 进入解压目录，执行make命令

$ cd /usr/local/tbb43_20150611oss/
$ make

4. 在shell中运行

$ source /usr/local/tbbxx_xxxxxxxxoss/build/linux_xxxxxxx_release/tbbvars.sh
//xxxx部分根据自己版本改变。

5. 测试是否安装成功
   打开tbb安装目录下example目录，执行make，若成功，则将上一部的指令添加到~/.bashrc的第一行

$ vim ~/.bashrc   //然后i键进入编辑模式，在第一行添加上一部指令。

至此，tbb的安装就完成了。

cufflinks的安装

安装教程

安装SAM tools时，make出现问题

curses.h: 没有那个文件或目录

解决方法：安装ncurses即可

$ sudo apt-get install libncurses5-dev

问题：

bzlib.h: 没有那个文件或目录

解决方法：

$ sudo apt-get install libbz2-dev
$ sudo apt-get install python-dev

问题：

lzma.h: 没有那个文件或目录

解决方法：

$ sudo apt-get install liblzma-dev

寻找jdk安装路径

$ which java //寻找？映射？路径
/usr/bin/java
$ ls -lrt /usr/bin/java
lrwxrwxrwx 1 root root 22 Aug 23  2016 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java
$ ls -lrt /etc/alternatives/java
lrwxrwxrwx 1 root root 46 Aug 23  2016 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/bin/java

则tbbxx_xxxxxxxxoss_src.tgz就是jdk的安装路径。

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有待补充