vmd学习实验记录

平台:

ubuntu 18.04 x64位

一:什么是VMD

百度搜索(关键词):VMD

官网网址:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

关于VMD的简介(有道翻译):

      VMD用于蛋白质、核酸、脂质双分子层组装等生物系统的建模、可视化和分析。由于VMD可以读取标准蛋白数据库(PDB)文件并显示所包含的结构，因此它可以用于查看更一般的分子。VMD提供了多种绘制和着色分子的方法:简单的点和线、CPK球体和圆柱体、甘草键、主干管和带、卡通绘图等。VMD可用于分子动力学(MD)仿真的运动仿真和轨迹分析。特别是，VMD可以作为外部MD程序的图形化前端，通过在远程计算机上显示和动画一个正在进行模拟的分子。

二:下载并安装VMD

下载vmd

在Dowload子选项卡,点击VMD 1.9.3 (MacOS X, Unix, Windows)开始下载.

 

 

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在这一步即开始下载

安装VMD

mv vmd-1.9.4a31.bin.LINUXAMD64-CUDA9-OptiX600-RTX-OSPRay170.opengl.tar.gz /codeEnvi/
cd /codeEnvi
tar -xvf vmd-1.9.4a31.bin.LINUXAMD64-CUDA9-OptiX600-RTX-OSPRay170.opengl.tar.gz
mkdir vmd
cd vmd-1.9.4a31
./configure LINUXAMD64
./configure
cd src/
make install
vmd

安装成功

三:pdb的载入和图片保存

3.1、pdb的载入

一、命令行打开

vmd model.pdb

二、视窗导入

 

四、设置蛋白质展示风格

graphics->represetations打开风格面板

 

1、当导入多个PDB序列时，在该处选择操作的是那条序列

2、图层面板，在此处可以设置多个图层，上面的序列可以覆盖下面的区域

3、当前选择的图层序列的区域，all表示操作为全长

4、color method 是对图层的上色规则，例如color ID(设定给定的颜色)、second structure(按二级结构染色)

5、drawing method展示风格，new cartoon、lines等

五、计算两个PDB的RMSD值和比对两个蛋白质结构（RMSD calculator）

    导入需要比对的两个序列；打开主面板extension->analysis->RMSD calculator

点击“RMSD“计算两个结构的RMSD值（均方根偏差）。此时计算的RMSD值(88.7076)是不正确的，需要先进行align。

                                                                                 未align进行的计算的RMSD值

正确做法，align（2）->RMSD（1）

                                                                             align两个序列的结果 

再次计算RMSD值

                                                                align后计算的RMSD值