如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq，从
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
下载相应的软件。
或者下载最新的source code，在服务器上用make 编译。
然后使用如下命令行：
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra
这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。

 

转换 .sra 文件成  .fastq/fasta 文件

#single-end 单端测序

.../fastq-dump  DRR000003.sra               # 结果生成DRR000003.fastq

.../fastq-dump  --fasta  DRR000003.sra   # 结果生成DRR000003.fastq

 

#pair-end  双端测序

.../fastq-dump --split-3  DRR002018.sra    #  结果生成   DRR002018_1.fastq，DRR002018_2.fastq

 

REF:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4055a5940100o1mg.html
http://hi.baidu.com/wuyu466/item/152006eb4363eac3baf37d29
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020100liee.html