本地blast的使用及SRA转fastq，解决sra转换成fastq后bwa无法识别的问题

BLAST instaliiation

直接下载编译好的balst，加入 PATH

导入PATH，使其在任何terminal中均可使用

export PATH=$PATH:your directory/ncbi-blast-2.9.0+/bin

cd ~
vim ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile

使用命令

建立数据库

makeblastdb -in SRR5799563.fasta -out SRR9563db -parse_seqids -dbtype nucl
makeblastdb -in all.contig -out kpn_contigdb -dbtype nucl 

进行blast

参数

• -query：输入序列名称
• -out：输出结果名称
• -outfmt：以格式6输出结果，后面自定义输出的条目
• -max_target_seqs：每条序列最多匹配多少个结果
• -num_thread：用多少线程

blastn -db ./database/SRR9563db -query hrpt.fa -out hrpt.blastt -outfmt 6 -max_target_seqs 1000000 -num_threads 15

blastn -db kpn_contigdb -query kpc2.fa -out kpc2.blast -evalue 0.01 -num_threads 15 -outfmt "6 qsedid qacc sseqid sacc evalue qstart qend sstart send length pident qcovhsp"

NCBI SRAtools

• 下载和解压工具

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 
cd sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/
cd bin

• 下载sra文件并生成fastq reads文件

参数

• -split-files：把pair-end测序分成两个文件输出
• -I ：打印read 1和2 的后缀（Produces two fastq files (–split-files) containing “.1” and “.2” read suffices (-I) for paired-end data.）
• -fasta 只输出fasta格式

./prefetch -p 1 SRR5799563 # 下载sra文件
~/sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728 #

 ~/sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/bin/fastq-dump --fasta  SRR5799563.sra

SRA fastq 编辑用于 BWA MEM 比对

sra 生成的read1和reads2后缀可能bwa不能识别，需要修改序列名字

awk 'BEGIN{OFS=FS="."}{if (FNR%4==1) print $1":"$2; else print $0}' s1test4k_1.fq >s1_awk_1.fq

awk ‘BEGIN{OFS=FS="."}{if (FNR%4==1) print $1":"$2; else print $0}' SRR6037659_2.fastq>../mapping/s1/s1_awk_2.fq