Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具

上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件，这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR

造成我在linux环境下不能使用aspera下载，只好在Windows下，下载了再上传到linux服务器。

一、工具下载

1.从ncbi下载sratoolkit工具，打开ncbi，到这个界面根据系统下载你需要的sratoolkit，我是Windows 64位，于是就是下载倒数第二个。

2.下载后解压 

把下载的sratoolkit解压，解压到自己需要的盘，我解压到D盘，文件夹名就是工具名

3.配置系统环境变量

快捷键win+R，输入sysdm.cp，打开配置path，点击环境变量，再点击系统变量的path，点击新建，把你存放sratoolkit的路径复制黏贴加上去，最后点击确定。

 4.运行cmd看sratoolkit是否可以使用

同样快捷键win+R，输入cmd打开命令行，输入cd d:，进入d盘，再cd 文件名，进入存放sratoolkit的目录

 

接着输入bin\prefetch.exe -h，可以查看prefetch是否正常运行，我一开始是报错的，它显示我要配置，没有图片保存就用文字描述，报三行代码，那我就根据这个输入vdb-config --interactive，出现配置界面，但是这个界面我好想没有改动什么，反正我按了s，再按x就退出了，再运行bin\prefetch.exe -h，显示帮助信息，就是安装成功。

This sra toolkit installation has not been configured.
Before continuing, please run: vdb-config --interactive
For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/

二、数据下载

1.从ncbi的sra数据库搜索想要的序列号，我是找双胞胎抑郁症，搜索出结果选择序列号下载

下载后会生成一个SRR_Acc_List.txt文件，里面都是序列号。

2.使用prefetch下载.sra，可以批量下载，也可以单独下载

单独下载：

prefetch 序列号

批量下载，输入，bin\prefetch.exe --option-file 序列号文件的存放路径

bin\prefetch.exe --option-file C:\Users\10166\Downloads\SRR_Acc_List.txt

得到如下的结果

待更新中

2020.9.15分割线

我在linux服务器上面查看我本地的文件是否上传到服务器，果然出现一个问题，我的一个SRR1135059.sra没有上传成功，用的是filezilla上传的，SRR1135058.sra就上传成功了，疑惑中

参考文章：https://www.jianshu.com/p/c2a79a439890

http://www.mamicode.com/info-detail-3043861.html

https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/88738510/