Amber中对体系的距离角度和二面角加以限制

产生NMR的限制：

在使用加限制的PDB文件时，文件中的结构必须包含H原子，如果不包含可以使用命令： ambpdb -aatm  -p prmtop < inprcd > amb.pdb

做此步的目的是保留正确的原子序号.

1.距离的限制

为了获得Amber中sander程序的距离限制的输入文件，我们需要准备一个7列的限制输入文件.对于文件中的每一行表示一个限制.

1st_res#  1st_res_name 1st_atom_name  2nd_res#  2nd_res_name  2nd_atom_name  upper_bound

1                          GUA                        H1'                     1                    GUA                          H3'                          4.6

makeDIST_RST  -upb   7col.dist   -pdb   gcg_b.amb.pdb   -rst   RST.dist

输出文件为RST.dist.输出文件为Amber形式的文件. r3为定义的距离的上限,r4为r3+0.5即最大的距离上限再加0.5.

makeDIST_RST命令产生的默认的rk2和rk3的值均为20.0kal/mol. 这两个值可以做相应的修改. 当设置rk2=0时，意味着两个原子之间没有距离的限制.这在分子优化的机制中是合理的，因为范德华参数在力场中不允许两个非键结的原子靠的太近.

RST.dst文件中的另外一个参数是ialtd,这个参数被设置为0，如果这个参数设置成1，当距离超过r4时势能将"flattens out“,对于大的冲突没有力，这可能导致限制列表中允许出现错误，但是可能会忽视本应该包括将一个初始的错误的结构拉向一个正确的结构.

 

2.二面角的限制

res#  res_name  torsion_name  lower_bound   upper_bound                                                                       

1      GUA          PPA          100.0          165.0

lower_bound和upper_bound为二面角的度数，torsion_name为大写的二面角的名字，例如ALPHA, BETA, GAMMA, DELTA, EPSLN, ZETA, 和 CHI。二面角的名字PPA代表了糖的折叠的角度。

为了将这种5列的数据转换为Amber形式的限制文件，使用makeANG_RST命令：

makeANG_RST -pdb gcg_b.amb.pdb -con 5col.sugar -lib $AMBERHOME/src/nmr_aux/prepare_input/tordef.lib > RST.sugar

输出文件中你将会发现，对于每一个输入的二面角的限制，会产生5个限制（NU0,NU1,NU2,NU3,NU4).

默认情况下，对于二面角的rk2和rk3的力常数设置为2.0kcal/mol.在设置力常数的时候没有设置的原则，但是在设置力常数的时候不能设置的太大,不然体系的约束力会太大导致很大的力场的能量.