MRI脑图像处理-场矫正：python SimpleITK.N4BiasFieldCorrection

偏置场：在同一组织内，MR图像上的亮度差异，强度值（从黑色到白色）。这是一种低频平滑的不良信号，会破坏MR图像。 偏置场导致MRI机器的磁场中的不均匀性。 （诸如扫描仪中的患者位置，扫描仪本身以及许多未知问题等因素可导致MR图像上的亮度差异。）

场矫正： 如果未校正偏置字段将导致所有成像处理算法（例如，分段（例如，Freesurfer）和分类）输出不正确的结果。 在进行分割或分类之前，需要预处理步骤来校正偏置场的影响。

如下图所示：

 使用N4BiasFieldCorrection校正MRI图像的偏置场

import SimpleIT as sitk
import os

def correct_bias(in_file, out_file, image_type=sitk.sitkFloat64):
    """
    Corrects the bias using SimpleITK N4BiasFieldCorrection.
    :param in_file: .nii.gz 文件的输入路径
    :param out_file: .nii.gz 校正后的文件保存路径
    :return: 校正后的nii文件全路径名
    
    """
    # 使用SimpltITK N4BiasFieldCorrection校正MRI图像的偏置场

    input_image = sitk.ReadImage(in_file, image_type)
    output_image_s = sitk.N4BiasFieldCorrection(input_image, input_image > 0)
    sitk.WriteImage(output_image_s, out_file)
    return os.path.abspath(out_file)

Reference:

https://blog.csdn.net/qq_32863339/article/details/88106329?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522160004935519195188353031%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=160004935519195188353031&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_ecpm_v3~pc_rank_v2-1-88106329.first_rank_ecpm_v3_pc_rank_v2&utm_term=场矫正&spm=1018.2118.3001.4187

github: 
https://github.com/bigbigbean/N4BiasFieldCorrection

Game Over~~~