VLDB论文阅读笔记
可直接看LB+-Tree部分。
论文标题
《LB+-Trees Optimizing Persistent Index Performance on 3DXpoint memory》
http://www.vldb.org/pvldb/vol13/p1078-liu.pdf
Minimizes the number of NVM Line writes and performs Logless insertions.
简介
3DXpoint特性：
- 使用 clwb，sfence等指令，将数据从cache拷到3DXpoint，会大大降低写性能。
- 3DXPoint内存内部数据存取粒度是256B。等等
论文核心思想
在一个cache line中，修改的字数对3DXpoint的写性能没有影响。提出持久性索引LB+-tree来提高一次写入的字数，减少写NVM line的次数。提升LB+-tree 插入性能的方法：
Entry moving。在叶子节点的第一行创建更多空槽。
- 考虑插入新索引项，更新叶子节点的头。
- best case：头部所在的行（即第一行）有空槽，则插入和更新需一次NVM行写入。
- 另一情况：第一行已满，叶子节点的另一行找到空槽，更新头、写新项，需两次行写入。
- 策略：将尽可能多的项从第一行移动到要写入的行，以产生更多空槽。
- Logless node split。使用原子写（NAW）来减少日志开销（先前的基于NVM优化的B+树使用日志来支持节点分割）。
Distributed headers。使得(1)(2)对multi-256B节点非常有效。
- 对于multi-256B节点，先前的做法是将元数据信息放在在节点的头部。（元数据信息包括：标记空/满项的bitmap、加速码搜索的指纹）。但是当节点大小增大时，第一行的槽项数会减少。该论文：在节点中，每256个block分配一个头。
- 后面证明
- 在断电和进程崩溃的情况下，算法能保证数据一致性。
- 微基准测试。插入操作，对比传统平衡树，NVM行写入次数的减少。
- 系统实验：X-engine，Memcached。
背景
3DXpoint两种模式
- 内存模式。DRAM作为3DXpoint的cache，主存容量和3DXPoint相同，对不写内存的应用友好。缺点：不支持持久性数据结构；更长的加载数据时间，需先访DRAM，缺失再访3DXpoint。
- app-direct模式。DRAM、3DXPoint与CPU直连，使用PMDK（持久性内存开发工具）来安装文件系统。本文关注该模式。
论文三发现
- 在一个cache行中，修改的字数对3DXpoint的写性能没有影响。先前数据比较写：读硬件原始数据，比较新的，仅写入修改的bit，则写延迟会比写整行要小。作者认为，目前的3DXPoint没有对数据比较写进行优化。如其中一款Intel的，数据有加密，修改一个bit会改变多个bit。
- 3DXPoint内存内部数据存取粒度是256B。cache line是64个字节。读操作：3DXPoint读256个字节，给cache 64个字节；写操作：3DXpoint读256个字节，修改64个字节，再写256个字节。
- 使用量低于1/8时，应用程序工作集变大，3DXPoint性能降低。应用程序访问的数据大于或等于3DXPoint容量的1/8，内存性能稳定。（因此实验需至少填满1/8）
数据一致性策略
一致性操作：缓存行flush指令（如clwb）和内存栅栏指令（如sfence），保证脏数据写回NVM。开销大。
NVM保证数据一致性的策略：logging , shadowing , PMwCAS , NVM atomic writes (NAW) 。
- logging：write-ahead logging。故障恢复，根据日志。
- shadowing：NVM中新分配空间，拷贝要修改的数据结构，修改拷贝，再使用NAW切换。注意点：须仅有一个指针指向要修改的数据（B+树满足）。故障恢复，指向新或旧的？
- PMwCAS：兼顾数据一致性和无锁操作。
前三种方法，也许比直接修改持久性数据结构开销大得多。
NAW
8B写，后接clwb（persist），sfence。8B写是原子的。
证明一致性。……
对于某些数据结构，如B+树叶子节点，可以采用多个中间可恢复状态、多个NAW来保证一致性。
优化的NVM B+树
- 基于缓存优化，缓存行对齐。
- 尽可能减少NVM写次数。如使用bitmap，叶子节点不排序，可以减少移动的次数。
- 使用NAW来保证数据一致性。如WB+树，叶子结点包含间接数组，以辅助在无序叶子结点的排序。 这和bitmap同，在插入时都需要NAW两次，是可恢复的。
- 非叶结点放入DRAM中。如，Oukid 的选择一致性策略：将FP-tree的非叶结点放入DRAM，叶子结点放NVM（若出故障，可从叶子结点中恢复非叶部分）；搜索码1字节指纹，SIMD加速叶子搜索。
- 并发的B+树。
- Bztree，使用PMwCAS，实现无锁数据一致性。
对3DXPoint设计原则
- 减少NVM行写入的次数，而非字写入次数。
- 叶子结点大小256B的倍数.
- 完全不使用日志，用NAW实现结点分割。
LB+-Tree
结构
仿照FP-tree。
- 非叶结点放DRAM，叶子结点放3DXPoint。
- lock位：并发控制。 alt：指明可选的兄弟结点。
- 指纹：加速搜索。hash(key)：计算出1字节的指纹，使用128bit的SIMD。
- alt：选择当前正在使用的指针
- sibling ptr, 各8B。有效的sibling ptr指向当前叶子结点的右兄弟指针。如果当前叶子结点为NULL，则为NULL。为什么要这样设计？
并发控制
仿照FP-tree，结合HTM(硬件事务存储)和lock 位来实现并发控制。本实验用原语实现HTM。
注意，缓存行flush指令不能兼容HTM，因为HTM在事务提交前，需要在cache中保持修改的cache line。然而，在3DXPoint中，缓存行flush指令是必须的。用lock bit 来解决。
index操作到达叶子，检查lock。若lock=1，说明已有index 写操作锁住结点了，废止事务。若lock=0，继续，读则读，写则先lock=1，提交事务，再真正写（事务外写，使用clwb）。
搜索
- 3，5，11并发控制
- xbegin(), xabort(), and xend() 分别为开始、废止、提交事务。成功开始，返沪_XBEGIN_STARTED，若因xbort()或硬件冲突，则继续执行xbegin()
- 搜非叶结点，查叶子结点
- 使用SIMD 匹配指纹，得到候选集
- 检查slot是否合法，key是否等
插入：减少line writes
与header同line，需写一次line；否则，需写两次。
将数据从line0移到其他line时，修改header的bitmap和指纹：16B dword。
证：256结点 LB+-tree，若叶子结点有空槽，插入操作能保证叶子结点的数据一致性。
（只在lineid行找空槽）。
结点分割
- 分配新结点，将14个索引项中最大的7个拷到新结点的最后两个line。
- 交换兄弟结点，以在不改变当前有效 指针的情况下，插入新叶子结点？ （新的兄弟1指向旧的有效的兄弟结点的指向，旧的alt改变，有效的指向新叶子结点）
- 情况1：插入到新叶子结点 （17-18：leaf的bitmap变了）
- 情况2：插入到旧叶子结点。20-23：先persist新叶和兄弟指针，插入项
（结点分割之后旧结点没有马上将line0的移动到line2, line3）
一致性证明。
删除
查找，用NAW置空bitmap对应位。
一致性证明。
故障恢复
一致性已证明。
出故障，扫描叶子，重建非叶。
multi-256B结点
原因分析
使用大结点的原因：非叶部分占更少DRAM；内存带宽、内存控制器队列大小可能大于256B。后面4.2部分，发现，512B的叶子结点性能更好。
使用分布式头部的原因：
若使用集中式(centralized)头，一个头（包含 -bit map, x1B指纹, lock,alt位），两个兄弟节点， x 16 B的数据项。
则当结点大小为512B，768B，1024B时，头部大小分别为32B, 49B, 66B，则Line0 剩余的数据项数目分别为2，0，0。由于我们的目的是减少NVM写的次数，这种方法效率低。
使用分布式头部。
使用H1的原因：若无，则结点分割时，需更新分布式头部，一个NAW无法处理多个头部写，且可能要求日志记录。
因此在2~m 块的末尾引入可选头部。复用alt，用来表示前后哪个头是有效的。？？
写无效的头，再用一个NAW来修改第一个头部，切换兄弟结点和2~m 块的头。该过程不需写日志。？
操作
- 搜索：指纹比较，bitmap检查，key比较。
- 删除：直接更新第一个头部
- 插入操作：寻找第一个非满block，进行插入。若所有block均满，进行节点分割。
- 节点分割：分配新节点；把一半的项拷到新节点；修改替代兄弟节点和替代头部；使用一个NAW去更新第一个block的头部；切换alt
一致性证明。
代价分析
实验
对比B+tree，WB+tree，FP-tree。LB+Tree基于后两者提出，但这两者没有entry moving，需要写日志，且采用集中式头部。LB+-Tree则通过使用替代兄弟指针和替代头部实现无日志写。FP-Tree和LB+Tree使用指纹数组支持SIMD查找，WB+tree 则使用间接数组来支持二分查找。
micro-benchmark
X-Engine和 Memcached
其他
可能可以进挖的点？
- 根据3DXPoint的endurance ，进行wear-leveling。（本文2.2末尾）
- 第三发现的原因。作者解释：可能为3DXPoint内存模块的缓存机制。
没看懂的：
- 论文提到的PMwCAS。
- 论文的并发控制？？ 怪怪的。
- 看看插入的代码吧
- 为什么要设计两个兄弟指针？ 怎么实现无日志写的？
- 插入、分割的代码为什么要用dword
- 插入的代码为什么不需要clwb leaf[to]所在的line
- muti-256B，节点分割没看懂，具体的代码？（是将每个block的一半分给另一个节点吗？将整个block复制给新节点更高效吧？但是这好像和代价分析部分矛盾了？）
- 代价分析。LB+ 的情况 leaf n 的计算， worst case，为什么有3个插入需要写2次，其他都是1 次？
- 插入 worst case 不考虑数据迁移的开销吗---考虑的哦
- 代价分析。传统的leafn 为什么要规定新的节点是填充在前面而不是后面的？
- multi-256B的情况，代价分析？ 对照的是集中式头部 迁移写 还是 分布式头部不迁移写？看说明，好像是前者？但是计算 又像是后者。
- skip-list 跳表是什么？
