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作业要求
需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
作业，理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程，并发在论坛上面。
来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1750#lastpost
实验步骤
1. 将 sra 数据转化成 fastq 格式（先把所有的sra放到一个文件夹里，姑且命名为SRR，然后 cd ~/SRR进入这个文件夹）
for i in {56..62}
do
fastq-dump --gzip --split-3-O /Users/chengkai/Desktop/zhuanlu_files -A SRR35899${i}.sra
done
--gzip 压缩格式为gzip
--split-3 如果是双端测序输出两个文件，如果不是只输出一个文件
-0 输出文件路径
“/Users/chengkai/Desktop/zhuanlu_files” 这里改成你自己的文件路径
-A 输入文件路径
搞定之后，会生成两个文件，列举其中一个 SRR3589956.sra_1.fastq.gz
然后所有的文件再放入另外一个文件夹（姑且命名SRA)，然后在cd ~/SRA进入这个文件夹里面
for i in `seq 56 62`
> do
> fastqc SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz
> done
或者 fastqc SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz
质量解读
html 格式用浏览器打开
基本信息
Enconding: 测序平台版本号
Total Sequence: reads 的数量
Sequence length: 总的序列数
%GC GC比，这个指标有物种意义，用于区别物种，一般人类42%
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每个read各位置碱基的测序质量
横轴碱基的位置（1-51），纵轴是质量分数，20表示1%的错误率，30表示0.1%
红色线代表中位数，蓝色代表平均数，黄色是25%-75%区间，触须是10%-90%区间
Warning 报警 如果任何碱基质量低于10,或者是任何中位数低于25
Failure 报错 如果任何碱基质量低于5,或者是任何中位数低于20
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偏离度
横轴碱基的位置（1-51）
纵轴是tail的Index编号
检查reads中每一个碱基位置在不同的测序小孔之间的偏离度，蓝色代表偏离度小，质量好，越红代表偏离度越大，质量越差。
这个图主要是为了防止，在测序过程中，某些tail受到不可控因素的影响而出现测序质量偏低
image.png
reads质量的分布
横轴表示Q值，0-40
纵轴是每个值对应的reads数目
当峰值小于27时，警告；当峰值小于20时，fail。我的报告峰值在38
image.png
GC 含量统计
横轴碱基的位置（1-51）
纵轴是碱基含量百分比
图中四条线代表A T C G在每个位置平均含量
当部分位置碱基的比例出现bias时，即四条线在某些位置纷乱交织，往往提示我们有overrepresented sequence的污染。
本结果前10个位置，每种碱基频率有明显的差别，说明有污染。
当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过10%，报"WARN"；当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过20%，报"FAIL"
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序列平均GC含量分布图
横轴是百分比； 纵轴是每条序列GC含量对应的数量
蓝色的线是程序根据经验分布给出的理论值，红色是真实值，两个应该比较接近才比较好
当红色的线出现双峰，基本肯定是混入了其他物种的DNA序列
偏离理论分布的reads超过15%时，报"WARN"；偏离理论分布的reads超过30%时，报"FAIL"
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各位置N的reads比率
当测序仪器不能辨别某条reads的某个位置到底是什么碱基时，就会产生“N”，统计N的比率
正常情况下，N值非常小
当任意位置的N的比例超过5%，报"WARN"；当任意位置的N的比例超过20%，报"FAIL"
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reads 长度分布
每次测序仪测出来的长度在理论上应该是完全相等的
当reads长度不一致时报"WARN"；当有长度为0的read时报“FAIL”
当测序的长度不同时，如果很严重，则表明测序仪在此次测序过程中产生的数据不可信
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统计不同拷贝数的reads的频率
横坐标是duplication的次数，纵坐标是duplicated reads的数目,以unique reads的总数作为100%
测序深度越高，越容易产生一定程度的duplication，这是正常的现象，但如果duplication的程度很高，就提示我们可能有bias的存在
当非unique的reads占总数的比例大于20%时，报"WARN"；当非unique的reads占总数的比例大于50%时，报"FAIL"
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接头含量
此图衡量的是序列中两端adapter的情况
如果在当时fastqc分析的时候-a选项没有内容，则默认使用图例中的四种通用adapter序列进行统计
本例中adapter都已经去除，如果有adapter序列没有去除干净的情况，在后续分析的时候需要先使用cutadapt软件进行去接头
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重复短序列
这个图统计的是，在序列中某些特征的短序列重复出现的次数
我们可以看到1-8bp的时候图例中的几种短序列都出现了非常多的次数，一般来说，出现这种情况，要么是adapter没有去除干净，而又没有使用-a参数；要么就是序列本身可能重复度比较高，如建库PCR的时候出现了bias
对于这种情况，我的办法是可以cut掉前面的一些长度，可以试着cut 1bp
image.png
参考文献
http://fbb84b26.wiz03.com/share/s/3XK4IC0cm4CL22pU-r1HPcQQ2irG2836uQYm2iZAyh1Zwf3_（青山屋主）
www.biotrainee.com/thread-2034-1-1.html(laofuzi)
http://www.jianshu.com/p/14fd4de54402（lxmic）
https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723(孟浩巍)