Circos-Windows实战笔记(楔子)

最近看了一篇文章,主要讲的是一对同卵双胞胎,一个患了白血病一个没有患白血病,然后对其进行了全基因组(WGS)分析,发现MLL-NRIP3融合基因以及SETD2(编码H3K36甲基转移酶)的双等位突变。进而从表观的角度阐述SETD2-H3K36me3通路在肿瘤通路上的作用。


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图一、二:文章的标题和摘要

然鹅,看到第一个Circos图的时候蒙圈半天,让我萌生了想好好学习一波的想法。


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图三:Circos图,红框中显示了融合基因MLL-NRIP3

首先,我们需要搞清楚,这个Circos图到底说了什么内容!从文献的图注来看,鉴定了SNV,CNV等,然后发现了融合了基因。但是确实有点疑惑的是,到底哪一圈是SNV,CNV呢?

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图四:Cricos的图注解释

抱着打破砂锅问到底的心态,我开始了我的Circos学习之旅!

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