用FastQC或Trimmomatic去接头，低质量碱基

Fastqc

1、可直接对.fq.gz压缩文件操作
2、结果默认路径生成在同文件的目录下，生成的文件夹为XX_fastqc,里面有fastqc_data.txt , fastqc_report.html等重要文件
3、可生成在指定的文件夹（应该说是路径吧），需要额外建立文件夹，用-o参数，为文件夹（文件）

安装：我针对自己电脑写了一个脚本，每个人根据自己电脑的路径要进行修改

image.png

具体代码如下：
mkdir ~/Biosoft/fastqc
unzip /home/reawyn/Biosoft/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosoft/
chmod 755 fastqc
~/Biosoft/FastQC/fastqc -h
echo 'export PATH=~/Biosoft/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -h

使用：
格式：fastqc 【处理的文件文件名】
示例：

image.png

将fastqc后的文件输出到result目录下，可以看到在该目录下生成了一个.html，该文件即为序列的分析结果，可下载到windows系统中查看；另一个压缩文件是具体数据。

Trimmomatic

1、可直接对.fq.gz压缩文件操作
2、结果默认生成在同文件的目录下，不生成文件夹，直接生成四个文件。若需要有文件嘉，需要额外建立文件夹的指令。参数-o,为文件夹（文件）

安装：
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip

unzip Trimmomatic-0.38.zip -d ~/Biosoft/Trimmomatic038/将下载的压缩包解压到/Biosoft/Trimmomatic038/目录下

java -jar ~/Biosoft/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

创建一个trim_out目录，作为存放Trimmomatic加工后的文件，且要记住其路径
mkdir trim_out

使用：将test.fq.gz文件加工输出到当前目录下的/trim_out/目录下
java -jar ~/Biosoft/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 test_7942raw_1.fq.gz test_7942raw_2.fq.gz ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/raewyn/Biosoft/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

双末端测序模式
在 PE 模式下，有两个输入文件，正向测序序列和反向测序序列，但是过滤之后输出文件有四个，过滤之后双端序列都保留的就是 paired，反之如果其中一端序列过滤之后被丢弃了另一端序列保留下来了就是 unpaired

ILLUMINACLIP 参数说明：按照规定顺序，ILLUMINACLIP 的参数列表如下（各个参数之间以冒号分开）

SLIDINGWINDOW
滑窗剪切，统计滑窗口中所有碱基的平均质量值，如果低于设定的阈值，则切掉窗口。

SLIDINGWINDOW::
SLIDINGWINDOW:4:15 #设置 4bp 窗口，碱基平均质量值阈值 15

LEADING
从 reads 的起始端开始切除质量值低于设定的阈值的碱基，直到有一个碱基其质量值达到阈值。

LEADING:

quality:设定碱基质量值阈值，低于这个阈值将被切除。

TRAILING
从 reads 的末端开始切除质量值低于设定阈值的碱基，直到有一个碱基质量值达到阈值。Illumina 平台有些低质量的碱基质量值被标记为 2 ，所以设置为 3 可以过滤掉这部分低质量碱基。官方推荐使用 Sliding Window 或 MaxInfo 来代替 LEADING 和 TAILING。