生信学习入门常见错误可能的原因分类总结和求助指南
生信学习学的是什么？常识！
学生信，不是贪多的，而是求精的！
为前文填坑，也希望能给后续答疑积累个素材，有问题先来查询再提问！
文件或目录找不到
这是常见问题，常见提示有
No such file or directory
Error in file(file, “rt”)：无法打开链接
Fatal error: Unable to open file for reading (seq/WT1_1.fq)
Fatal error: Unable to read from file (C:Program file/Git/usearch/rdp_16s_v16_sp.fa)
mv: cannot stat ‘circlize.pdf’: No such file or directory
排查思路：
如果提示中给了文件名，确认与提示名字完全一致的文件是否存在，并确认路径是否正确。如上面第 3 个提示，确认
WT1_1.fq文件存在于当前工作路径的 seq 目录下。如果未提示文件名，需要自己从命令行参数中找到文件名，再按第 1 条思路排查
不管是哪个情况，要坚信是自己提供的
文件名字的问题或文件路径与自己的工作路径不匹配的问题。
提问建议：
如果自己按上面的排查，没发现问题，在群里提问时要注意 5 点：
注明：我知道这个是文件路径问题，但我查看了，文件路径和名字都没错。要不然得到的回答还是要你先排查这一步。
截图时完整的截取运行的命令和报错信息，不要只截取报错信息或只截取自己认为的核心报错信息。最简单的截图方式：截取满屏、标记重点。
同时也截取下对应目录的文件列表，方便他人一起看下是不是文件名中字符没分辨清楚，如
1与l或空格等特殊字符的存在。如下面这个-在 R 中做了转换，致使匹配不上。
如果目录中文件太多，一定截取到最近的区域，如下面截图所示就是一个错误例子，没有到
W部分不能判断文件是否存在。应该按名字排序截取到v,w,x开头的文件处。
提问不能太随意。
自己重视，别人才能重视。
文件为空
不太常见，通常为前面步骤运行出错导致的。需要打开文件看下，确认是否为空（最常见的可能性）还是有特殊格式（如#号开头或引号不对等），再继续向前翻看运行记录，看下是哪步出的错。
小技巧：搜索这个文件名（或文件名的一部分），通常可以快速定位到输出这个文件的步骤或代码部分。
Error in read.table(file = “result/alpha/otu_group_exist.txt”, sep=”\t”: 输入中没有多出的行
画图时输出文件已打开，不能覆盖
导致下面的问题最常见的原因是：之前运行过命令，对应的图已经生成并且正处于打开状态，程序不能覆盖，一般只发生在Windows平台下。如果文件确实已打开，就关掉对应的PDF文件，再运行一次。
另外一种可能是：输出路径的目录没有创建，需要创建下。这时就是一层层目录去查看。
Error in pdf(x, …): 无法打开’result/beta/bray_curtiis.txt.pheatmap.pdf’文件
Error in grDevices::pdf(file=filename) 无法打开
result/alpha/alpha_boxplot_riichness.pdf文件
命令未找到
排查思路：
对应的软件没有安装。
软件安装后，没有放到环境变量中，具体见PATH和path，傻傻分不清。如果是
conda安装，则查看是否在对应的如果不确定是
1还是2的问题，可使用locate或find命令查看命令是否已安装，具体见Linux下那些查找命令。软件命令输入错误，如大小写混淆等。
软件和参数之间没有加空格。
bash: SOAPdenovo: 未找到命令...-bash: ls-l: command not found
TAB 不能填充
TAB填充是 Linux 下输入命令和文件名比较方便快速且不容易出错的快捷按键。TAB键会自动补全环境变量中的程序名字和作为参数时的文件和路径名。所以下面截图中，只输入文件名就按TAB键是没有反应的。
多行程序未能正确运行
不少程序因为太长需要多行显示，在运行时最好是全选而非一句句的运行。单句一个个点运行时就容易出现下面的问题，多点了导致参数赋值出错。
更多的时候，会出现这样的错误，中间少点了某一句，致使程序一直未能如期运行。在Terminal运行处，出现了很多不结束的大于号(>)开头的行，很多命令都被卡住了，要么一直运行不了，要么运行报错。
这时，果断按下Ctrl+C终止当前的输入，然后从最开始卡住处重新运行。
参数赋值问题
参数和命令之间漏掉空格
bash: cd/c/amplicon: No such file or directory
参数忘记赋值。一般出现在参数值以公共变量形式出现时，公共变量如wd或db等未初始化导致的。当然从这个截图我们看不出问题具体是什么，因为截图不完整，只能是猜测，或通过进一步与提问者沟通了解问题所在。
参数写错: 比如-l误看做-1，自己敲入命令时就会出错；或-c, -C, -p, -P等大小写问题；或不同系统软件参数略有不同导致的。既然看到了illegal option，首先坚信是自己参数输入错了，然后查看下对应命令的帮助信息，看看最相近的参数名字是什么，按需要修改即可。
cp: illegal option — 1
R的错误
Error: unexpected numeric constant in:
"if (0 != 0){
data_m$0.2"
Execution halted
列名字不能为数字或者以数字开头Error in read.table(file = "1509195237.txt", :
duplicate 'row.names' are not allowed
Execution halted
请对给定数据矩阵第一列的重复元素进行预处理,一般可以增加序号进行区分或重复的属性合并Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
line 1 did not have 3 elements
Calls: read.table -> scan
Execution halted
请确认矩阵每一行列数是否相同,注意列分隔符是否为TAB键Error in read.table(file = "/var/www/html/ImageGP/Public/source/lines/1510560834.txt", :
more columns than column names
Execution halted
请确认矩阵每一行列数是否相同,注意列分隔符是否为TAB键Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, variable, value = integer(0)) :
replacement has 0 rows, data has 58
Calls: $<- -> $<-.data.frame
Execution halted
检查给定的变量名字（也就是列名字）是否存在Error in `levels<-`(`*tmp*`, value = if (nl == nL) as.character(labels) else paste0(labels, :
factor level [4] is duplicated
Calls: factor
Execution halted
输入的variable order 有重复元素；variable order为对应列的唯一元素的有序排列Warning message:
NAs introduced by coercion
Error: Discrete value supplied to continuous scale
Execution halted
数据是离散的(discrete, 字符型)却选择了continuous类型 (数值型)Error in Math.factor(data$GeneRatio) : 'log10' not meaningful for factors
Execution halted
请确认指定使用对数处理的列是不是只含有数字Error in order(NULL, c(6L, 2L, 2L, 6L, 7L, 7L, 6L, 3L, 5L, 4L, 1L, 4L), :
argument 1 is not a vector
Calls: [ -> [.data.frame -> order -> do.call -> order
Execution halted
请提供合法的列名字Error in log10(data$Pvalue) :
non-numeric argument to mathematical function
Execution halted
请确认给定的列为数值列Error: unexpected symbol in "uwid = 70cm"
Execution halted
请不用填写单位Error in fix.by(by.x, x) : 'by' must specify a uniquely valid column
Calls: merge -> merge.data.frame -> fix.by
Execution halted
请检查输入数据格式Error: object 'Value' not found
Execution halted
请提供数据中存在的列名字,注意大小写；特殊地,对线图,数值列的列名字必须是valueError in order(data$term, data$Ratio) : argument 1 is not a vector
Calls: [ -> [.data.frame -> order
Execution halted
请提供数据中存在的列名字,注意大小写；Error in grDevices::col2rgb(colors, alpha = alpha) :
invalid color name 'gree'
Calls: scale_colour_gradient ... seq_gradient_pal -> gradient_n_pal -> colour_ramp ->
Execution halted
请提供正确的颜色名字, green不是gree Error in colSums(temp_data) :
'x' must be an array of at least two dimensions
Calls: upset -> FindMostFreq -> colSums
Execution halted
UpSetView 需要至少3列 (Wide format)Error in max(sapply(as.vector(unique(data_m$qvalue)), nchar)) :
invalid 'type' (list) of argument
Execution halted
请确认给定的列 (variable)是否正确。Error in if (-90 ~ 90 != 0) { : argument is not interpretable as logical
In addition: Warning message:
In if (-90 ~ 90 != 0) { :
the condition has length > 1 and only the first element will be used
Execution halted
角度只需给一个数字就可以。没有参数接受一个范围值,范围只用于提示。Error in hclust(d, method = method) :
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)
Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust
Execution halted
热图层级聚类分析时不允许NA值的存在。Error: unexpected symbol in "ann_colors = list(Type=c(Pain and"
Execution halted
热图自定义注释颜色格式不对,请参照提示。Error: cannot allocate vector of size 15.2 Gb
Execution halted
热图矩阵太大。Error in cor(t(mat)) : 'x' must be numeric
Calls: pheatmap -> cluster_mat -> as.dist -> cor
Execution halted
热图必须是数值矩阵,除第一行和第一列,其它的元素都必须是数值。遇到错误多调试，至少在初学时，坚信是自己的错，不是程序的错。
往期精品(点击图片直达文字对应教程)
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