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22世纪的时候, 人类和机器爆发了一场战争, 最终人类被打败了, 机器统治了世界. 但人类最后关头做了一件事, 就是把天空遮盖起来了;
没有了太阳, 机器失去了能量来源. 一个偶然的机会, 机器发现人类身上的生物电可以为其提供能量.于是机器把人像种水稻一样种在田野里.
为了维持人类长时间的生命以便提供更多的能源, 机器创造了一套程序或者系统来控制人脑, 让种在田野里的人认为自己是活在真实的世界里. 这套程序就是Matrix.
Matrix的第一个版本是按照理想的人类社会设计的, 没有战争, 没有饥饿, 阳光普照. 但在这样的社会中, 人类的寿命反而很短, 没什么生命力, 田野里的人很快就死了.于是机器们决定按照真实的人类社会来设计Matrix, 并且最关键的, 是设计了一套机制, 让Matrix能从真实的人类世界中自我学习, 并把所学回馈到Matrix的源代码, 从而完成Matrix的自我升级.这套自我升级机制, 就包括尼奥,先知,还有那些被挑选出来幸存的人类.
这套升级机制运行的很好, 直到第六个版本, 就是尼奥, 发生了设计者/架构师意料之外的变化, 尼奥不愿听任自己的爱人被这套轮回所毁灭, 而拒绝了回到源代码完成Matrix的升级...于是机器部队开始进攻人类基地
然而机器遇到的麻烦不止这一点. 当初被设计出来用来清除Matrix内部系统异常的那个程序, 就是史密斯, 也不甘寂寞, 像尼奥一样, 失去控制了. 史密斯在Matrix内横冲直撞, 像病毒一样, 感染了Matrix内部所有的应用程序.只有尼奥有能力清除它, 使Matrix恢复正常. 机器大帝需要借助尼奥的这种能力, 而尼奥也需要机器大帝停止战争, 毕竟人类不是机器的对手, 于是双方达成协议, 机器大帝把尼奥连入Matrix, 跟史密斯进行了生死对决...
最后一切都跟开始一样, 一小撮人类继续偏安一隅, 机器继续用Matrix种植大片的人类稻田...