awk 添加自定义变量

  • 使用-v选项
    head -n 3 /etc/passwd | awk -v test="hello" -F: '{print test,$1}'

  • 在BEGIN{}模式自定义变量
    head -n 3 /etc/passwd | awk -F: 'BEGIN{test="hello"}{print test,$1}'

  • ?

pa=pa01t1
sample=pa01_tumor1
cat result_${pa}_quickmode/${sample}_R1_clean${sample}_R2_clean_HPV_HumanGene_Annotated_Cyto.txt | awk  '{print $2}' | less

可以识别该文件的第二列?

cat result_${pa}_quickmode/${sample}_R1_clean${sample}_R2_clean_HPV_HumanGene_Annotated_Cyto.txt | awk -v a=$sample -F: '{print a,$2}' | less

不识别第二列?
暂时解决,双重awk:

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