测序统计工具（持续更新中...）

工具及链接

fqtools： https://github.com/alastair-droop/fqtools

fastx-toolkit： http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/

bio-awk： https://github.com/lh3/bioawk

fastq-tools： http://homes.cs.washington.edu/~dcjones/fastq-tools/

fast： https://github.com/tlawrence3/FAST

seqmagick： https://github.com/fhcrc/seqmagick

seq-tk： https://github.com/lh3/seqtk

BamUtil：https://genome.sph.umich.edu/wiki/BamUtil#Releases

BAMStats：http://bamstats.sourceforge.net/

RSeQC：http://rseqc.sourceforge.net

bamdst：https://github.com/shiquan/bamdst

qualimap：http://qualimap.bioinfo.cipf.es

vcflib：https://github.com/vcflib/vcflib

RTG Tools：https://github.com/RealTimeGenomics/rtg-tools

SnpSift：http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html

VCF-kit：https://github.com/AndersenLab/vcf-kit

VCF-Miner：https://github.com/Steven-N-Hart/vcf-miner

VTC：https://github.com/mebbert/VariantToolChest

VCFR：一个出来vcf文件的R包

补充

我目前主要用的是bamdst和qualimap。

bamdst部分结果：

qualimap部分结果：

RTG Tools：

SnpSift：