sort

http://www.lampbo.org/linux-xuexi/linux-base/linux-shell-sort-detailed-command.html

sort 命令对 File 参数指定的文件中的行排序,并将结果写到标准输出。如果 File 参数指定多个文件,那么 sort 命令将这些文件连接起来,并当作一个文件进行排序。-(减号)代替文件名指定标准输入。如果您不指定任何文件名,那么该命令对标准输入排序。可以使用 -o 标志指定输出文件。

使用 -t 标志可指定不同的字段分隔符。在 C 语言和英语语言环境下,制表符和空格字符都是空格符。

使用排序关键字时,sort 命令首先根据第一个排序关键字的内容对所有行排序。然后,根据第二个排序关键字的内容,对所有第一个排序关键字相同的行排序,如此进行下去。按照排序关键 字在命令行中出现的顺序给它们编号。如果两行对所有排序关键字的排序都相同,则对全部行依据当前语言环境的整理顺序进行比较。

对字段中的列进行编号时,缺省字段分隔符中的空格符将作为后继字段计数。前导空格不计作第一字段的一部分,-t 标志指定的字段分隔符将不作为字段的一部分计数。可使用 -b 标志忽略前导空格符。

[wgjiang@manager kmer_Ry97]$ sort -t. -k2,2 -n -o 1.fq 1.fq (以.分割(-t.)以第二个字段(-k2)从其开关到第二个字段(,2)以数字顺序(-n)并替换原来的文件(-o 1.fq))
33_97_1_filter30_p80.1.fq
33_97_1_filter30_p80.2.fq
33_97_1_filter30_p80.3.fq
33_97_1_filter30_p80.4.fq
33_97_1_filter30_p80.5.fq
33_97_1_filter30_p80.6.fq
33_97_1_filter30_p80.7.fq
33_97_1_filter30_p80.8.fq
33_97_1_filter30_p80.9.fq
33_97_1_filter30_p80.10.fq

是逗号不是小数点。
-k2,2 表示从第二字段开始到第二字段结束。
-k2 表示 从第二字段开始到行尾结束。
-k2.2,2.5 表示从第二字段第二字符开始到第二字段第5字符结束(2.2 是小数点)。

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