cytoscape绘制互作网络图

对于蛋白网络互作图，一开始会首先使用string数据库进行分析，但是碍于数据库中收录的物种限制，有些物种并不能做。此时可以考虑使用cytoscape来做。对于人等物种，即使string可以进行蛋白互作分析，也可以用该软件进行后期的美化，以下是基本的介绍。

软件安装

软件是windows系统下的可执行程序，可以直接下载安装。

下载地址：https://cytoscape.org/download.html

软件界面说明

软件主要包括设置界面、展示界面以及数据界面，示例如下。

cytoscape-start

其中设置界面主要对线条、颜色以及蛋白或者其他元素进行设置，数据界面主要用于根据不同条件筛选展示的数据，展示界面自然是展示数据，用于指导后续的调整。

导入数据

这是软件使用的第一步，也是最重要的一步，毕竟没有数据就没有后续的分析，不重要的数据也没有展示的必要。对于cytoscape，有以下几个导入选项。

cytoscpe-input

对于数据，可以导入图形数据，也可以导入原始的对应关系矩阵数据。

对于矩阵关系矩阵，可以导入excel等格式的文件。导入后，需要设置目标和靶点数据，用于后续作图，示例如下。

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其中绿色的是source信息，橙色代表靶点数据，基本的作图设置这两列即可。设置完成后就可以对图形进行设置。

图形设置

• 选择图像类型

对于不同的模式，软件预设了不同的展示类型，可以根据自己的喜好进行调整。

cytoscape-style

在实际使用中，可以根据自己的实际情况有选择的使用不同类型的模板。

• 数据排布类型选择

在确认线条及数据框的类型之后，下一步可以调整数据的排布方式，有矩形，也有圆形排列。

cytoscape-range

这一步设置的是layout，有各种展示方式，不熟悉的或者不清楚展示自己数据最佳的方式，可以选择多点几个试试。

• 主设置区选择

cytoscape最好的一个方面就是可以个性化的调整数据框的类型、数据的字体、位置以及颜色等，最大限度的展示数据的多维度信息。这一步全部设置的调整都在设置界面进行。

cytoscape-setting

设置界面的参数是分区设置的，最下面显示了可设置的三个类型，分别是Node、Edge以及Network。可以对不同的部分分别进行设置。

• 数据框及数据展示设置

该步骤主要是这是数据框的展示类型，包括大小、透明度以及颜色。此外，还可以对标签的位置以及颜色进行设置。

cytoscape-label-border

• 线条及箭头设置

线条连接source和target，剪头可以用于表示二者之间的作用关系，这两部分都是很重要的信息。

cytoscape-line-arrow

线条的设置在Edge的Style里面进行设置，可根据数据类型及个人喜好随意调整。

• 自定义设置

该软件的强大之处就在于可支持根据数据自定义设置展示类型。比如根据共有关系的多少进行上色，作用关系较强至较弱的条目用渐变色展示，或者source和target选用不同的数据框形状以及颜色进行区分，这部分主要是在复选编辑框中编辑。

cytoscape-edit-self

在设置中，根据自己的喜好进行设置即可，以下是展示的示例结果。

示例1

example1

示例2

example2

这张图太复杂了，调不出来，大家可以试试。

参考文献

[1] https://cytoscape.org/what_is_cytoscape.html

[2] https://cytoscape.org/documentation_users.html