2018-10-09 笔记整理肖琼

生信笔记整理

第一节 Ubuntu系统的构建

1.1 在虚拟机下安装Ubuntu

1.1.1 关键步骤 选择自己下载的iso文件作为启动光盘，用我们的虚拟光驱启动之后，分配盘幅等等
安装：小技巧断网
1.1.2 进入使用界面。屏幕右上角相当于Windows的开始菜单
搜索并将terminal放到桌面上。这就是用户与操作系统交互的shell

控制shell的快捷键：Ctrl shift+字变大，Ctrl-字变小
Ctrl u 直接删除到行首
。Ctrl l 清屏

1.2 连接服务器

第二节 ls操作命令

2.1 初识ls

man ls 查看ls的帮助文档
ls 【option】 【File】
默认查看当前目录的内容，也可以指定查找路径。
-l 详细列出文件相关信息

ls music/
ls desktop/
ls -l
ls ./ #当前目录
ls ../ #上一级目录

命令的通用格式 cmd 【options】【operation】

第三节 cd切换目录和pwd显示当前目录

cd ../
pwd
cd../
ls

第四节 cd高级命令

cd ~ # 到用户主目录
cd - #回到来之前的目录

第五节 创建与删除文件、目录

5.1 基本操作

mkdir test
mkdir -p a/s/d/f/
rmdir test #删除空目录
touch bb.txt
rm bb.txt
touch a.txt b.txt c.txt #可以同时创建
rm *.txt e.*#利用通配符删除

5.2 重要参数

mk -p 创建多层目录
例题删除一个文件夹（rmdir只能删除空文件夹）
方法一：逐级删除
方法二： rmdir -p a/s/d/f/ （复杂结构不行了）
方法三： rm -rf

第六节 cp mv

cp 复制，mv移动或重命名

cp src.c src.c.bak
cp src.c a/src.bak
mv src.c src.c.bak#重命名
mv src.c a/src.c.bak

第七节 文件内容查看 cat less head

7.1 cat 输出文件内容打印到屏幕上

cat source.list
tac 倒叙读

7.2 nano小记事本

nano aa.c
ctrl o保存 Ctrl x 退出

7.3 head和tail 默认10行

head aa.c
head -n 3 aa.c

7.4 more 和less 分屏打印

more 空格键翻页 shift pageup 向上
less Ctrl f 向后翻页，Ctrl b 向前翻页

第8节 tar 打包

tar -cvf ab.tar a b c d e f
tar -xvf ab.tar #解包 
tar -tvf #看包里有啥
tar -xvf ab.tar a #将包里指定东西解出来
tar -xvf ab.tar -c ss/ #解到指定目录

第九节 文件解压与压缩

打包之后，压缩可以进一步节约空间

9.1 gzip/gunzip

gzip aa.tar
gunzip aa.tar.gz

9.2 bzip2/bunzip2

bzip2 ab.tar
bunzip2 ab.tar.bz2

9.3 tar zcvf/zxvf

tar -zcvf ac.tar.gz ac.tar
tar -jcvf ac.tar.bz2 ac.tar
tar -zxvf ac.tar.gz

第十节 which where locate

10.1 which 在Linux 下查找命令，可执行文件的位置

which ls
which pwd
which which
可执行文件在bin/ls bin/pwd usr/bin/which下

10.2 whereis 查找帮助文档，二进制文件，源文件位置

whereis -m 查找帮助文档位置

10.3 locate数据库查找

locate aa.tar.gz
但是查找不到最近创建的文件。因为定时更新
可用sudo updatedb 提高到管理者对数据库进行更新，再找就有了

10.4 find 磁盘通过文件名查找

find path content
find ./ -name "af*" 在当前目录查找af开头的文件

第十一节 软件安装

11.1 源代码安装

寻找.src .tar.gz
tar -zxvf

11.2 包安装

sudo dpkg -i .deb (ubuntu下安装包是.deb)

11.3 apt在线安装

apt-get install aptitude -y
sudo aptitude search/show看装没装/install

第十二节 linux 的软连接和硬链接

12.1硬链接 多个文件名字指向磁盘的同一块内容

任何一个文件修改都可以指向同一个内存区域
ln b.txt c.txt
ln b.txt d.txt
ls -l
..... 3 .............#3代表硬链接后有3个文件
好处：如果我不小心删除了一个，还有两个

12.2 软连接：快捷方式

ln -s
一旦删除了原始文件，软连接失效
有点可以使对文件名和文件路径的处理更加简单
ln -s d.txt dln
ln -s /etc/apt ea