读《医学微生物组实战指南》|| 或一瞥单细胞数据分析

记得小时候掉到餐桌上的小丸子，再抓起来吃的话，大人会打手手，并告知上面有细菌哦。这是对微生物最开始的认识，虽然没有像”化学物品“那么可怕，但是微生物似乎和不干净联系到一起。直到自己真的学习了相关的课程之后才知道原来在自然界和动物生物体内原来起着如此大的作用。2017年开始我的第一份工作，做的就与微生物组相关：应用高通量测序技术分析环境（生物的和生态的）微生物组。这些年也看到了微生物组从基础研究到临床应用的演进过程，刚好借助这本书的导图来回顾一番：

医学微生物组 实战指南

本书关注点在肠道微生物组，这方面的基础研究和应用都的确是最广泛的，但是人体微生物组的概念要比肠道微生物组大得多，如皮肤微生物，口腔微生物。还记得我们介绍过的人类口腔微生物组数据库（eHOMD）简介吗？但是研究的一般方法和工具是通用的，包括目前比较火的mNGS在病原微生物检测中的应用。

在读本书的过程中感受较深的qiime2平台的上线，因为2018年的时候有老师要求换掉qiime1.9的分析结果，用新版的再分析一次。尽管两者的基本流程：质控比对注释统计分析没有变，但是qiime2的推出也反映微生物组数据分析的成熟。不仅体现在NGS方法的成熟，还体现在数据分析概念方法与工具的成熟，这也为医学微生物组在临床中的应用提供了保障。2019年新冠肺炎的检测中mNGS技术功不可没，也催生了许多做病原菌检测的企业，我们看到微生物组从基础研究到消费级产品发展的趋势。

咱还做过菌群分析最佳实践@Rob Knight||导图版。

作为一篇读书笔记，不能只谈个人感受而不论书籍本身吧。

这本书是我读的第三本有服务公司推出的微生物分析工具书，第一本是诺禾的《高通量测序与大数据分析》系列，第二本是基迪奥《微生物研究宝典》。这三本书的主要的立脚点都是面向基础研究的，但是程度有所不同。而联川的这本《医学微生物组实战指南》则侧重在医学方向，而且如导图的目录所示：既有25个里程碑事件又有mNGS在病原菌检测中的应用这样的内容，显得更贴近应用一些。

在这本书的读后感里面写一些单细胞转录数据分析的启发是不是不太好？管他呢，咱就写：

• 生态学的三个基本问题：

Who is there（有哪些细胞类型？）
What can they do（这些细胞类型可以做什么？细胞类型特异性的XXX）
What are they doing（在当前的临床条件下这些细胞正在做什么，细胞间通讯，基因调控等）

发现没有，毫无违和感。

• 微生物组测序的核心问题及其对应的单细胞数据分析的核心问题

扩增子分析遇到单细胞数据分析

可见在单细胞水平上的许多核心问题其实可以从生态学中找到模体。简而言之，这本《医学微生物组实战指南》确实是一本开卷有益的书籍，勾起了我一段回忆也思考了目前所作的单细胞数据分析。