hmmsearch的报错方案小试

最近又重新做起了进化，这里就记录一下的在这个过程中遇到的问题吧~
这里转述一下师弟的提问：

报错情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下载的文件时，并不报错，但是相同的命令用于hmmbuild构建的hmm文件时，出现以下报错：

报错信息：如下图

可能原因分析：由于官方文件并不报错，那么问题就出现在hmm文件，或者是hmmbuild上了，查看构建的文件，缺少几行参数：

虽然domain不一样，但是大体不影响。问题应该就出现在这个上面，可是怎么解决呢？

检索内容：
首先站内搜索了一下，有一个hmmer之hmmsearch用法翻译，没有找到源头问题，因此翻查了用户手册，链接如下：
http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf

解决方案：

找到问题所在了，出在hmmbuild上，并没有使用 Stockholm 格式的比对文件，同时需要提供这些相关选项的注释。
在使用没有这些信息的hmm文件时，不能使用 --cut-ga --cut-nc --cut-tc 参数。

问题拓展：
这三个参数对应的模型是否有特殊的应用场景？
如果不使用这个参数，是否对分析会产生较大影响？
还有一个神奇的视频教程，由于售价499我就没有进去瞧瞧...

这个文档应该有续篇，如果有大神能够帮忙解决的话，烦请赐教，感谢~