3D Genome可视化工具

3D Genome 可视化工具

可视化工具介绍

4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）项目挺有意思的，即旨在理解核的三维结构加上在时间尺度上的变化。该项目目前的进展是3D genome测序方法的开发，数据分析和可视化。就可视化而言，因为要显示三维结构，所以其实最简单的组合技巧就是例如Hi-C数据的heatmap加上例如TF和histone modification的tracks。NGS Hotpot简单介绍一下几款3D genome可视化工具。后期可根据评论排序深入介绍一到两个。

1. washU
NGS Hotpot最爱的可视化工具，Hi-C，ChIA-PET，HiChIP等等都适用，fancy的图如下[1]。根据这里的指示long range 准备好数据，大的track直接放在本地服务器上只要具有http访问权限即可用来显示heatmap，小的例如ChIA-PET的loop可以直接上传。

缺陷：不知是否是墙的原因，要显示heatmap会极其之卡顿，希望早日有Asia镜像。Plus：似乎washU的本地安装教程有缺陷，尝试过两次无法成功安装。

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2.Juicebox
对于Hi-C而言，如果预处理直接使用Juicer, Juicebox[2]看heatmap非常方便. 然而，由于其预处理生成的.hic文件中已经含有例如5k，10k，20k，40k这种分辨率的信息，所以，调整图比较需要花心思，同时，也不太容易把例如Hi-C，ChIA-PET的数据放到一张图里比较。

3. Sushi.R

Sushi是基于R的可高度定制的可视化工具，需要一点小小的编程基础，需要微调的小参数较多。大致图样如下[3]。

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4.HiCPlotter

HiCPlotter 是基于python的高度可定制的可视化工具，除了画loop的那段代码有个小bug，画的loop不好看，需要微调的参数较少，需要准备的数据格式简单，准备好色号进行微调，效果还是不错的。大致图样如下[3]。HiCPlotter和Sushi.R都适合已经确定好范围和出图，不适合探索合适的区域。

5.HiGlass

HiGlass [4],这个工具出图效果和Juicebox差不多，同时显示很多可比较的heatmap效果不错，但是没法导出如PDF等的矢量图，适合探索要画图的区域。

6.GIVe

GIVe， 这个工具的设计理念和上述几个都不一样，不是简单的heatmap或者loop加普通track，两个平行的基因组设计挺有意思的，也可以用来显示global的DNA和RNA的interactions。

7.3D Genome Browser：实现可视化基因组3D结构和长距离染色体作用 | Genome Biology

8.YUE lab 开发的三维可视化工具，可以加载washU，USCS注释
来源：
3D Genome可视化工具
NGSHotpot [NGSHotpot机器深度学习生信](javascript:void(0);) 2017-04-10