fastp拼接双末端测序数据

版本:0.20.1
fastp之前的版本不支持拼接,

mkdir -p fastp
ls *1.fastq.gz|while read id;
do
fastp -5 20 -m -c --overlap_len_require 5 -f 20 -F 23 \
-i ${id%_*}_1.fastq.gz -I ${id%_*}_2.fastq.gz \
--merged_out ${id%_*}_clean.fq.gz \
-j ./fastp/${id%_*}.json -h ./fastp/${id%_*}.html;
done

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