如何获取tRF和对应的tRNA

最近一直在设计探针，从朋友的推荐中学习到了一个可以直接检索人的tRF和对应tRNA的网站，非常方便。

地址如下：MINTbase: Genomic Loci

打开之后是这样的界面：

这里只有人的数据，根据tRF在tRNA上的起始位置，把tRF分成了5类，分别是5‘-half,5'-tRF,i-tRF,3'-tRF,3'-half。根据对应的tRNA所能够携带的氨基酸，后面又做了区分。甚至更为精细的是，因为相同的氨基酸可能对应不同的反密码子，这里又多出了一个可以根据密码子进行检索的功能。此外，右上角选择框有一个Minimum RPM value值的选择，这里我把它认为值越大，在细胞中的表达量也就越高。右下角有对应染色体，正链和负链位置来源的选择，起始-终止位置也可以进行输入选择。

这里，我选择一个5’-tRF，其前体tRNA能够转运Cys,Anticodon选择为All,最小RPM值为5000，Strand选择为All，然后submit。网站检索后出来下面的界面：

最后检索结果有5条tRNA对应着一条相同的tRF。点击最后一列view tRNA alignment 中第一个框框，会出现下面的界面：

从上面我们可以直接看到明显的前体tRNA序列和tRF序列。并且，用不同的颜色标出了Dloop，Anticodon loop，anticodon，Tloop，CCT tail对应的序列。真是太方便了！