教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci

ggsci是ggplot的主题包,它提供一系列高质量的调色板,其灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的调色板可以作为ggplot2 scales使用。

所有调色板通用格式为:

scale_color_palname()

scale_fill_palname()

使用的时候将palname替换为调色板的名称即可

目前ggsci一共含有18中配色方案,具体目录如下:

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第1张图片
教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第2张图片

以点图和柱状图为例,展示部分调色板的颜色:

首先画一个点图和柱状图:

library("ggsci")

library("ggplot2")

library("gridExtra")

data("diamonds")

p1 =ggplot(subset(diamonds, carat >=2.2),aes(x = table, y = price, colour = cut)) + geom_point(alpha=0.7) + geom_smooth(method="loess", alpha =0.05, size =1, span =1) + theme_bw()

p2 =ggplot(subset(diamonds, carat >2.2&depth >55&depth <70),aes(x = depth, fill = cut)) + geom_histogram(colour="black", binwidth =1, position ="dodge") + theme_bw()

NPC调色板的灵感来源于NATURE

p1_npg =p1+scale_color_npg()

p2_npg =p2 +scale_fill_npg()

grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol =2)

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第3张图片

AAAS 调色板的灵感来源于Science

 p1_aaas =p1 +scale_color_aaas()

p2_aaas =p2 +scale_fill_aaas()

grid.arrange(p1_aaas, p2_aaas, ncol =2)

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第4张图片

NEJM调色板的灵感来源于新英格兰医学杂志

p1_nejm =p1 +scale_color_nejm()

p2_nejm =p2 +scale_fill_nejm()

grid.arrange(p1_nejm, p2_nejm, ncol =2)

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第5张图片

Lancet调色板的灵感来源于柳叶刀杂志

p1_lancet =p1 +scale_color_lancet()

p2_lancet =p2 +scale_fill_lancet()

grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol =2)

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第6张图片

JAMA调色板的灵感来源于美国医学协会杂志

p1_jama =p1 +scale_color_jama()

p2_jama =p2 +scale_fill_jama()

grid.arrange(p1_jama, p2_jama, ncol =2)

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第7张图片

其他调色板

JCO调色板的灵感来源于临床肿瘤杂志。

UCSCGB调色板的灵感来源于UCSC 基因组浏览器,用于表示染色体的颜色。

D3调色板的灵感来源于D3.js使用的分类颜色。有四种调色板类型(category10、category20、category20b、category20c)。

LocusZoom调色板的灵感来源于LocusZoom网站,其提供GWAS结果的快速可视化。

IGV调色板来自整合基因组查看器用于表示染色体的颜色。

UChicago调色板的灵感来源于芝加哥大学。

StarTrek调色板的灵感来源于《星际迷航》。

TronLegacy调色板的灵感来源于《创战记》,它适用于在使用暗主题时显示数据。

Futurama调色板的灵感来源于电视《Futurama》。

Rick and Morty调色板的灵感来源于电视《 Rick and Morty》。

TheSimpsons调色板的灵感来源于电视《辛普森一家》。

此外,对于非ggplot2的图,ggsci还提供把调色板的颜色单独提取成颜色代码。

例如:从NPC调色板中提取9个颜色

mypal =pal_npg("nrc", alpha =0.7)(9)

mypal

系统给出的NPC调色板中的9个颜色为:

## [1] "#E64B35B2" "#4DBBD5B2""#00A087B2" "#3C5488B2" "#F39B7FB2""#8491B4B2"

## [7] "#91D1C2B2" "#DC0000B2" "#7E6148B2"

具体的颜色展示为:

library("scales")

show_col(mypal)


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资料来源:

https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html#introduction

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第9张图片
教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci_第10张图片

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