哪些蛋白质二级结构预测软件可以批量使用？

1. JPred: http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/index.html，网页版，且只能一次提交一个

2. ProtPredicct: http://predictprotein.org,也是网页版，一次提交一个

3. PsiPred: http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/, UCL开发的，软件很小，可以本地化批量操作，但是使用前得安装psi-blast和Impala，我试了好多次才成功，对新手来说不是很友好。

4. SCRATCH-1D: http://download.igb.uci.edu/, UCI开发的，软件有2.7个G，确实很大，但是好处是集成了所有要用的软件，基本上下载下来的就能用，现在就说说怎么安装

先下载软件，推荐用Linux下的wget命令，会快很多：  wget http://download.igb.uci.edu/SCRATCH-1D_1.1.tar.gz

剩下的步骤：

To install SCRATCH-1D, unarchive the downloaded tarball :

    tar -xvzf SCRATCH-1D_1.1.tar.gz

Change directory to the resulting folder :

    cd SCRATCH-1D_1.1

Run the provided installation script :

    perl install.pl

检验是否安装成功：

To test the software installation, change directory to the 'doc' sub-folder :

    cd /doc

Run SCRATCH-1D on the provided test dataset:

    ../bin/run_SCRATCH-1D_predictors.sh test.fasta test.out 4

根据我这几次的安装经验，基本上没有安装失败的，因为此软件是基于Perl写的，只要是Linux系统，肯定是自带Perl的