[Py008] gff文件处理2

根据第三列的type，提取mRNA及相应exon的信息。

和[Py005]是一样的，但是这次换一种处理思路。

思路：

​ 每次读取一行，拆分为list；

​ 将第三列的特征值追加到新命令的list（type）中；

​ 如果第三列的特征值为mRNA，打印该行；

​ 如果第三列的特征值为exon，并且通过true_exon函数判断符合“mRNA;exon;exon”之类的顺序，则打印该行。

​

import re

def true_exon(list):
    list = list[::-1]
    list = ";".join(list)
    if re.match(r'(?:exon;)+mRNA', list):
        return True
    else:
        return False

type = []
outGFF = open('out.gff', 'w')
for line in open('in.gff'):
    line_list = line.strip().split('\t')
    type.append(line_list[2])
    if line_list[2] == 'mRNA':
        outGFF.write(line)
    if line_list[2] == 'exon' and true_exon(type):
        outGFF.write(line)
outGFF.close()