2021-03-15 cytoscape 用户手册翻译

官方手册——上

Cytoscape3.7.2用户手册

用户手册非常详细，这里只是选择了个人认为能用到的一些知识并会做个总结。较长，简单应用可以直接查看标题12.5和13对应的实战演练，如有需要再对应查看前面帮助文档或者官方手册

1—4. 下载软件及基本页面熟悉

具体见用户手册

3.命令行参数

Cytoscape可以识别许多可选的命令行参数，包括网络文件，节点和边缘数据文件以及会话文件的运行时规范。这是使用“ -h”或“ –help”标志执行Cytoscape时生成的输出：

cytoscape.{sh|bat} [OPTIONS]
  -h,--help             Print this message.
  -v,--version          Print the version number.
  -s,--session    Load a cytoscape session (.cys) file.
  -N,--network    Load a network file (any format).
  -P,--props      Load cytoscape properties file (Java properties
  format) or individual property: -P name=value.
  -V,--vizmap     Load vizmap properties file (Cytoscape VizMap
  format).
  -S,--script     Execute commands from script file.
  -R,--rest       Start a rest service.

可以直接运行命令或者脚本文件：

image-20210205170503608

5.建立网络

在Cytoscape中创建网络的方法有4种：

1. 导入预先存在的固定格式的网络文件。

2. 导入预先存在的，未格式化的文本或Excel文件。

3. 从公共数据库导入数据。

4. 创建一个空网络并手动添加节点和边。

5.1。导入固定格式的网络文件

可以使用“支持的网络格式” 部分中描述的任何格式来指定网络文件 。通过File→Import将网络导入Cytoscape 。网络文件可以直接位于本地计算机上，也可以位于远程计算机上（在这种情况下，将使用URL进行引用）。

从本地计算机加载网络

为了从本地文件加载网络，您可以选择文件→导入→从文件网络…或

_images / Cy3_icon_net_file_import.png

在工具栏上单击。在文件选择器对话框中选择正确的文件，然后按打开。Cytoscape的sampleData文件夹中已包含一些不同类型的示例网络文件。

选择网络文件后，将弹出另一个对话框。在这里，您可以选择为新网络创建新的网络集合，也可以将新网络加载到现有的网络集合中。选择后者时，请确保选择正确的映射列，以将新网络映射到现有网络集合。

或者，您可以简单地将网络文件从桌面拖放到“网络”列表（“控制面板”）中，而不用从菜单选项中选择文件。

也可以使用-N选项直接从命令行加载SIF，GML和XGMML格式的网络文件。

从远程计算机加载网络（URL导入）

要从远程文件加载网络，可以选择文件→导入→从URL网络…。在导入网络对话框中，手动或使用URL书签插入适当的URL。可以通过单击文本字段右侧的箭头来访问带有书签的URL（有关书签 的更多详细信息，请参阅“首选项”中的“书签管理器 ”）。另外，您可以将链接从Web浏览器拖放到URL文本框。指定URL后，单击“确定”按钮以加载网络。

网络导入的另一个问题是防火墙的存在，防火墙会影响计算机可以访问哪些文件。要变通解决此问题，Cytoscape支持使用代理服务器。要配置代理服务器，请转到编辑→首选项→代理设置…。这在“首选项” 部分中进一步描述 。

5.2。从未格式化的表文件导入网络

Cytoscape支持使用File→Import→Network from File…从分隔的文本文件和Excel工作簿中导入网络。交互式GUI允许用户为指定的文件指定解析选项。屏幕提供预览，显示在给定当前配置的情况下如何解析文件。随着配置的更改，预览会自动更新。除了指定如何解析文件之外，用户还必须选择代表源节点和目标节点的列以及可选的边缘交互类型。有关详细说明，请参见下面的基本操作。

_images / ImportNetworkDialog2.png

支持的文件

导入功能支持带分隔符的文本文件和Microsoft Excel工作簿。对于具有多个工作表的Excel工作簿，可以一次选择一个工作表进行导入。以下是样本表文件：

源点	靶点	相互作用	逻辑值	字符串数据	小数数据
YJR022W	YNR053C	pp	true	abcd12371	1.2344543
YER116C	YDL013W	pp	true	abcd12372	1.2344543
YNL307C	YAL038W	pp	false	abcd12373	1.2344543
YNL216W	YCR012W	pd	true	abcd12374	1.2344543
YNL216W	YGR254W	pd	true	abcd12375	1.2344543

网络表文件应至少包含两列，以创建具有边缘的网络。如果文件只有一列，则创建的网络将不包含任何边。交互类型是此格式的可选。因此，最小的网络表如下所示：

源点	靶点
YJR022W	YNR053C
YER116C	YDL013W
YNL307C	YAL038W
YNL216W	YCR012W
YNL216W	YGR254W

网络表文件中的一行代表边缘及其边缘数据列。这意味着将网络文件视为网络数据和边缘列数据的组合。一个表可能包含的列并不意味着是边缘数据。在这种情况下，您可以通过单击预览窗口中的列标题来选择不导入那些列。当导入如下所示的数据表（1）时，此功能很有用：

_images / sampleTableData1.png

此数据文件是制表符分隔的文本文件，包含网络数据（交互），边缘数据和节点数据。要从该表导入网络和边缘数据，请选择“唯一ID A”作为源，选择“唯一ID B”作为目标，并选择“交互者类型”作为交互类型。接下来，关闭用于节点数据的列（备用ID A，种类B等）。可以将其他列作为边缘数据导入。

网络导入功能无法导入节点表列-只能导入边缘表列。要从该表导入节点表列，请参见 本手册的“节点和边列数据”部分。

注（1）：此数据取自 Andrew Garrow，Yeyejide Adeleye和Guy Warner的A合并人类交互基因组数据集（Unilever，安全与环境保证中心，2006年10月12日）。实际数据文件可从http://wiki.cytoscape.org/Data_Sets/获得。

基本操作

要从text / Excel表导入网络，请按照以下步骤操作：

1. 选择文件→导入→从文件网络…或

   

   _images / Cy3_icon_net_file_import.png
   在工具栏上单击 。

2. 在文件选择器对话框中选择一个表文件。

3. 通过指定哪些数据列包含“源交互”，“目标交互”和“交互类型”来定义交互参数。单击任何列标题右侧的箭头将打开用于选择源，交互和目标的界面：

   

   _images / ImportNetworkDialogDetails.png

4. （可选）定义边缘表列（如果适用）。网络表文件除网络数据外，还可以具有边缘表列。

   • 启用/禁用表列：您可以通过在列编辑器中选择[attachment：disablecolumn.png]符号来启用/禁用列数据。

   • 更改列名称和数据类型：您还可以在列编辑器中修改列名称和数据类型。有关更多详细信息，请参见下面的“修改列名称/类型”。

5. 单击确定按钮。

导入无边节点列表

表导入功能支持无边节点列表。如果仅选择一个源列，它将创建一个没有交互的网络。对于某些Web服务客户端可用的节点扩展功能，此功能很有用。请阅读从外部数据库导入网络一节 以获取更多详细信息。

高级选项

您可以通过单击主导入 界面中的“高级选项”按钮来选择多个选项。

• 定界符：您可以为文本表选择多个定界符。默认情况下，“制表符”和“空格”被选择为分隔符。

• 默认互动

• 传输第一行作为列名：选择此选项将导致所有边缘列根据该列中的第一个数据条目命名。

• 开始导入行：设置要从表的哪一行开始导入数据。例如，如果要跳过文件中的前3行，请为此选项设置4。

• 忽略以下字符开头的行：不会导入以该字符开头的行。此选项可用于跳过文本文件中的注释行。

_images / ImportFromTable_Advanced.png

修改列名称/类型

在“从表导入网络”界面中，可以通过单击任何列标题来更改列的名称和数据类型：

_images / ImportNetworkDialogDetails.png

列名和数据类型可以在此处修改。

• 修改列名-只需输入一个新的列名。

• 修改列数据类型-支持以下列数据类型：

  • 字符串

  • 逻辑值（真/假）

  • 整数

  • 小数

  • 字符串/逻辑值/整数/小数（之一）的列表

Cytoscape具有基本的数据类型检测功能，可根据其条目自动建议列数据类型。通过从提供的单选按钮中选择适当的数据类型，可以覆盖此设置。对于列表，必须指定全局定界符（即，表中的所有单元格都必须使用相同的定界符）。

5.3。从公共数据库导入网络

Cytoscape允许您从公共数据库导入网络。用户可以通过此功能在文件→导入→从公共数据库访问网络…下访问各种 数据库。一个搜索栏，也可在顶部网络的面板 控制面板。从搜索栏中，您可以直接访问多个公共数据库。

什么是Web服务？

Web服务是一种标准的，与平台无关的机制，用于计算机通过Internet进行交互。如今，许多主要的生物数据库都使用Web服务API发布其数据：

• 生物Web服务列表：http： //taverna.sourceforge.net/services

• EBI的Web服务：http：//www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/

Cytoscape核心开发人员团队已使用此框架开发了多个Web服务客户端。Cytoscape支持许多Web服务，包括：

• PSICQUIC：用于生物相互作用数据集的标准Web服务。此处提供了PSICQUIC兼容数据库的完整列表 。PSICQUIC可从搜索栏获得。

• 路径共享：来自路径和网络资源的集成数据。此处提供了补充资源的完整列表。可以从文件→导入→网络→公共数据库…访问Pathway Commons 。

• STITCH和STRING：STITCH是化学物质和蛋白质之间已知和预测相互作用的数据库。STRING是已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。可从搜索栏和文件→导入→网络→公共数据库…获得STITCH和STRING 。

• NDEx：网络数据交换（NDEx）项目提供了一个开放源代码框架，科学家和组织可以在此共享，存储，操纵和发布生物网络知识。NDEx可从搜索栏获得。

示例：从NDEx检索网络

• 在搜索栏中，从下拉菜单中选择NDEx，然后输入一个或多个搜索词，例如BRCA1。

• 单击Enter开始搜索。

• 在CyNDEx-2浏览器对话框中，单击网络的“导入”按钮以将其加载到Cytoscape中并可视化。完成网络加载后，关闭对话框。

您可以通过多种方式浏览网络：

• 按列排序（通过“排序依据”下拉列表）或排序已排序的列（通过“降序/升序”下拉列表）

• 使用您的NDEx用户帐户在网络列表中启用搜索

  • 通过访问NDEx Public Server网站创建NDEx帐户

  • 将配置文件添加到CyNDEx-2浏览器（通过单击右上角的“匿名”凭据可访问的配置文件表单）

  • 单击网络表顶部的“我的网络”复选框

• 在对话框顶部的搜索栏中输入新查询

  • 通过搜索中使用uuid：选择器发送给您的UUID查找网络（例如，uuid：50e3dff7-133e-11e6-a039-06603eb7f303）

与NDEx一样，CyNDEx-2使用标准的Lucene语法作为其网络搜索语言。有关更多信息，请参见在NDEx中搜索网络。有关CyNDEx-2的更多信息，请参见CyNDEx-2 App Store页面。

请注意，您可以使用“导出”选项将网络保存回NDEx数据库。

也可以通过Cytoscape主工具栏中的NDEx按钮访问NDEx浏览和保存对话框，单击时将显示两个菜单操作。

5.4。创建新网络或手动编辑一个

也可以创建一个新的空网络，并手动添加节点和边。要创建一个空网络，请转到文件→新建网络→空，然后通过右键单击网络画布或节点上的方法手动添加网络组件。您可以使用相同的过程来编辑现有网络。

添加节点

要添加新节点，请右键单击网络视图面板的空白区域。从弹出菜单中选择添加→节点项。

_images / AddNodeMenu.png

添加边缘

要添加边缘以连接节点，请右键单击源节点。从弹出菜单中选择 编辑→添加边缘。接下来，单击目标节点。下图显示了在两个节点之间绘制边缘的两个步骤。您可以通过按Esc键中止边缘的绘制。您也可以选择两个或多个要连接的节点，然后在右键菜单中选择“添加”→“连接所选节点的边”以创建连接所有所选节点的边。

您可以通过选择多个节点和边，然后选择“编辑”→“剪切”来删除节点和边。您也可以从“编辑”菜单下的“编辑”→“删除选定的节点和边线…”下删除选定的节点和边线。您可以通过编辑→撤消来恢复从网络中删除的所有节点和边。

分组节点

可以将任意数量的节点组合在一起，并显示为一个组节点或单个节点。要创建组，请选择两个或多个节点，然后单击鼠标右键以选择Group→Group Selected Nodes。系统将提示您选择组节点的名称。创建组后，您可以使用右键菜单折叠或展开该组。您还可以通过双击组节点或其任何子节点来回切换来快速折叠/展开组。

扩展组

_images / GroupExpanded2.png

GroupExpanded2.png

分组节点的外观和行为取决于创建组时有效的组设置。可以管理整个Cytoscape会话的设置（通过“编辑”→“首选项”→“组首选项...”）或特定组的管理（右键单击“首选项”→“组首选项...”）。

添加网络注释

可以通过右键单击画布上的任意位置并选择“添加”菜单中的“注释”选项之一，将文本，图像或形状形式的注释添加到网络画布。您可以添加自己的图像，从形状库中选择图像或添加纯文本或有界文本。形状和文本是可自定义的，并且可以从右键单击上下文菜单中编辑任何添加的注释。

_images / AddNodeMenu.png