现代科研指北

坑 1前言

本书初稿写作于我处于学生与独立科研人员或转行的过渡期，也就是博士后阶段。在这一阶段身处海外的我意识到了现代科研的一些趋势与这个年龄段科研人员的种种迷茫，为了铭记，也为了启迪，我将这一阶段对于现代科研的一些思考整合为一本书。这本书是开源的，在初稿完成后开放协作，我也鼓励科研人员能记录自己的成长经历，如果实在不知从哪下手，可以参考这本书来整理。是否认可本书观点并不重要，但没有自己的科研思考过程对于科研人员是一种悲哀。

本书的出发点是 Jeef Leek 《How to be a modern scientist》与 Phillip J. Guo 的 《The Ph.D Grind》读后感，前者介绍了当前科研过程中的一些趋势而后者完整给出了个人读博士成长的经历，本书则更像是两者的结合体。由于文化差异与技术进步，当2017年我整理前一本书笔记时发现有些内容已经需要更新了。这样我开始是保留其框架然后填上新的内容，有的内容直接是其他书的笔记，如同忒修斯的船一样，当零件换到一定程度结构也就需要重新调整，调到最后已经看不出跟原书有多大关系了，整体思路收敛到了我的个人经验上，此时就更像是后一本书了。

没错，这本书的一个重要来源就是我从事科研工作十年的实际感受。我非常重视从源头思考或第一推动原理，希望找到科学问题的最原始的出发点去探索，过程中会对比其他人的思路去验证或优化。这个重复造轮子的过程虽然效率不高，但会保证思路的清晰与独立性，在不断试错中步步为营，扎实推进。与之对比的是简单模仿前人的做法，这样虽然比较快，但一方面会失去探索乐趣，另一方面很难产生新洞见。很多章节我倾向于在给出解决方案前阐述这样做的原因，科研需要黑箱模型，但思路不能单纯照搬别人黑箱。这部分内容在第二章现代科研、第四章思维工具和第五章实验上有所体现。

之所以带上“现代”，是因为科研走到今天变化非常快而多数人对现代性理解不足。很多看法现在看或者是刻板印象，或者已被取代，这类关于科研的偏见不仅仅存在于非科研人员，甚至科研人员自己也会把某些“约定俗成”的说法看作科研特性。此外，加上现代就说明我们也面对很多之前科研进程不具备的一些新问题新趋势，这里面最严重的可能要数可重复性危机与开放科学的兴起：如果我们不解决可重复性危机，大量的研究资源会被浪费在无意义的项目上；如果我们不了解开放科学，学术交流的效率就会明显落后于时代。这部分内容在第三章科研现状概览有所体现。

另一个现代化问题则是技术进步带来的，现代科研使用大量信息技术进步带来的软硬件及标准操作流程，熟悉这些技术与管理理念有利于提高科研效率，这在本书第六章数据处理、第七章文献与第八章学术生活中有所体现。这部分是研究生或初级科研人员最需要知道但教育体系目前没有很好覆盖的知识。本书最后一章介绍科研外就业问题，为科研人员提供一点出圈的思路。

本书有三个附录，第一个附录是科研工具软件的选择与推荐，第二个附录是我理想中全栈科学家的一套自测题，第三个则是一些科研俚语，希望读者永远不要忘记幽默。

本书涉及的主题是我这些年体会到的比较重要的问题，但并不是说别的主题不重要，只是我个人经验覆盖不到。同时，能力有限，即便我所覆盖的部分只是我了解的部分，肯定带有偏见，一定时刻存疑，当你开始思考这些问题就会有收获。

虽然这本书关注的是科研，但科研不过是生活的一部分，希望读者不要被职业固化生活，去看日出，也去看日落；上得了高山，也下得了盆地；去经历风雨，也能闲观虹霓…充分感受每一过程中的冲突、意外、美丑，科学只是一个视角但人要有更大的视野。

本书框架如下：

第一章前言。

第二章介绍现代科研的知识背景与认识框架。

第三章介绍现代社会及现代科研趋势与问题。

第四章介绍科研思维。

第五章介绍实验。

第六章介绍数据分析。

第七章介绍文献管理。

第八章介绍学术生活。

第九章介绍离开学术界的就业途径。

附录一 现代科研工具包。

附录二 检验本书阅读效果的试题。

附录三 调侃风格的科研版词典。

文中会涉及编程，均使用R语言展示并提供代码。