正踪大米饭儿
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使用 ART 软件模拟 RNAseq 数据

生物信息分析过程中，很多步骤需要控制软件本身的假阳性，而使用模拟数据就可以很好的做到这一点。

1 ART 软件的安装

1.1 直接下载编译好的二进制可执行文件

下载地址： https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm

也可以按照需求点击下面连接下载：

Linux MacOS X Windows
64-bit system ART-bin-MountRainier-2016.06.05-Linux64.tgz (11MB) ART-bin-MountRainier-2016.06.05-MacOS64.tgz (4MB) ART-bin-MountRainier-2016.06.05-Win64.zip (5MB)
32-bit system ART-bin-MountRainier-2016.06.05-Linux32.tgz (6MB) ART-bin-MountRainier-2016.06.05-MacOS32.tgz (4MB) ART-bin-MountRainier-2016.06.05-Win32.zip (5MB)

1.2 下载源码自行编译

  • Linux OS: ART-src-MountRainier-2016.06.05-Linux.tgz (11MB)
  • Mac OS X: ART-src-MountRainier-2016.06.05-MacOS.tgz (10MB)

2 ART 的使用

使用cDNA模拟 Illumina Hiseq2000 RNASeq 测序数据

art_illumina -ss HSXt -p -sam  -i ../Ref/ref_dna.fa -l 150 -f 5 -o out

参考信息：

文章连接：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/4/593/213322

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