TBtools使用讲演课程-录屏-

TBtools是什么?

目前,高通量测序已然是生物实验室的常用研究手段。数据不断积累,而解读数据的难度也越来越大。
从海量的生信数据中,抽取出有价值的生物信息,将有助于生物方向的确定与实验的开展。
而抽取信息却常常是最繁杂的,其中涉及大量简单的重复操作,包括序列提取,本地Blast,韦恩图分析....等等。
于是,我写了TBtools这个小工具,尽可能逐一地替代这些操作。
希望有一天,其确实能帮助到一部分人,减少湿实验出身的生物科研工作者在这一过程耗费的时间,并可以有更多的时间用于生活而不是生存,用于陪伴家人而不是一直在电脑前面cp & paste的工作。

TBtools使用讲演课程-录屏-_第1张图片
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TBtools能干什么?

TBtools开发至今已有3年,经过这些时间的功能增加和改进,已然积累了数十个性能相对稳健的小工具。
可正常运行于 Windows, Mac, Linux等平台
其能输出的一两个图片,展示如下:

TBtools使用讲演课程-录屏-_第2张图片
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TBtools使用讲演课程-录屏-_第3张图片
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TBtools使用讲演课程-录屏-_第4张图片
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其目前能做的事情很多,以至于,我可能没办法在这里一一列出,
具体可能可以看看热身课程的前面部分。这里只做简单列出

新增热门工具,

  • Amazing Heatmap Generator热图工具
  • Amazing Gene Viewer同时展示进化树,MEME结果和基因结果与结构域

序列操作工具集,Sequence Toolkits ​

  • Fasta序列(含区段)提取,Amazing Fasta Extractor、Fasta Extractor和Fasta Subseq
  • Fasta序列合并和分割,Fasta Merge and Split
  • 序列格式化(序列反向、互补和按指定行宽分行),Sequence Manipulator
  • NCBI序列批量下载,NCBI Seq DownLoader
  • cDNA序列完成开放阅读框预测,Get Complete ORF
  • 序列库中引物特异性检测,Check Primers
  • gff3/gtf序列提取,Gtf/Gff3 Sequences Extractor

​ Blast界面化工具集,Blast

  • 调用NCBI API进行远程Blast,Remote Blast
  • 少量序列Blast比对到大序列库文件,Auto Blast SeveralSequences To a Big File
  • 少量序列比对到少量序列,Auto Blast TwoSequence Sets
  • 大序列库文件比对到大序列库文件,Auto Blast TwoSequence Sets -Big File-
  • 序列比对到Fastq文件,Blast Several Seq ToFastQ
  • 互惠Blast(用于不同序列库ID映射),Reciprocal Blast
  • 序列比对结果区段映射图绘制,Blast XML AlignmentShower
  • 序列比对结果点阵图绘制,Blast XMLDotplot
  • 序列比对结果堆叠图绘制,Blast XMLPileup Grapher
  • BlastXML结果转换为TBtools比对结果表格,TranFormat Blast .xml to TBtools.table
  • BlastXML结果转换为Blast表格结果,TranFormat Blast .xml to Blast Table
  • 基于测序数据的电子克隆,e-GenomeWalkingor e-Race

GeneOntology和KEGG工具集,GO and KEGG

  • GO注释,GO Anotation
  • GO富集,GO Enrichment
  • GO层级统计和绘制,GO Level Counter
  • GO层级比较,GO Level Compare
  • GO注释解析,GO Term Parser
  • GO注释转换为BiNGO输入结果,Prepare GO Annotaiton For BinGO in cytoscape
  • KEGG通路富集工具,KEGG Enrichment Analysis
  • KEGG****通路差异表达基因描图工具,KEGG Pathway Map Drawer

​ 其他工具集,Others ​

  • 取色器,Color Picker
  • 表格提取(行筛选),Table IDManipulator
  • 表格列操作(列排序和保留),Table ColumnManipulator
  • 大文本极速查看(支持.gz压缩格式),Big Text Viewer
  • 大表格极速查看(支持.gz压缩格式),Big Table Viewer
  • 基于标识符号提取文本区段,Text Block Extractor
  • 表达量快速查看/比较,Expression Shower
  • 读段计数做RPKM/FPKM/TPM标准化,Expression Calculator (RPKM/FPKM/TPM)
  • 2~6组可交互韦恩图绘制,Wonderful Venn (Up to Six Sets)
  • 基于序列在染色体上展示基因位置,Map Genes OnGenome From Sequence Files
  • 基于坐标在染色体上展示基因位置,Map Genes OnGenome From Position Info Files
  • 基因组共线性分析结果可视化,Dual SystenyPlotter for MCscanX

​ About工具,About

  • 默认界面(可直接拖拽.png/.jpg图片,输出Kmeans聚类色卡),About TBtools
  • debug对话框,Debug Dialog
  • 调整TBtools初始化内存,Resize JVMmemory

为什么开课

1. 最直接的原因是 我个人需要做知识变现,用于接下来的人生计划
2. 最无奈的原因是 TBtools的界面化使用方式,很难用Manual讲清楚,而我确实没有时间撰写Manual

  1. 最理想的原因是 每个人都应该做自己擅长的事情,写TBtools是我擅长的,而一步一步告诉每一个用户怎么使用它,似乎我不擅长的,或者我觉得,我的个人和经历应该更多地用在开发上,而不是使用说明上。

课程的主要内容

覆盖以上的清单,以及一些相关工具的原理和相关的生物信息学基础知识,
之所以会有相关的基础知识介绍,是因为我个人觉得,如果只是单纯了解TBtools的使用,那么没有意义,
所以我加在课程中间

课程时长

一个月零四天,每周日的晚上讲一次,一次讲演2个小时,大体是 20 个小时的视频,
几乎覆盖了目前TBtools的所有功能的使用

是否值得报?

以下是直播参与的人数(当时是 五折,即¥49

TBtools使用讲演课程-录屏-_第5张图片
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按照与直播课程参与的朋友约定,现价格定为 ¥98
希望这个价格大家可以接受,毕竟是个人和各位朋友努力的结果。
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更希望,这个课程的发布,对大家和对我都有所帮助
谢谢各位朋友的支持。

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